Очерку флоры Русского Алтая посвящена специальная глава в книге «По Алтаю» (1897). В ней приводится список видов, собранных преимущественно в альпийской и лесной области с указанием местообитаний. Перечень включает 811 видов Русского Алтая и 722 вида Монгольского Алтая. В отдельный список выделены альпийские и нивальные растения. Перечисление растений альпийских лугов автор сопровождает красочным описанием:
Еще в первом путешествии В. В. Сапожников нашел на Катунском хребте «красный снег» — водоросль
Особенности развития высокогорной растительности отражены в оригинальной статье В. В. Сапожникова «У верхней черты растительности» (1916), которая помещена в сборнике, посвященном памяти К. А. Тимирязева. Автором выявлены неизвестные прежде типы адаптации растений к высокогорным условиям.
Все выводы исследователя основаны на тщательных наблюдениях. Например, заключение о перемещении пределов лесной и альпийской растительности, в зависимости от широты местности, сделано на основании данных, полученных в двадцати географических пунктах.
В очерке о растительности Монгольского Алтая, помещенном в книге «По Алтаю» (1897), дано ботаническое описание альпийской, лесной и пустынно-степной областей (Джунгарский и Монгольский ярус), сделаны выводы о соотношении флоры Русского и Монгольского Алтая. В совместной публикации с Б. К. Шишкиным описана растительность Зайсанского уезда. По итогам поездки в Турецкую Армению опубликована книга «Растительность Турецкой Армении» (1917).
В последнюю поездку по Алтаю в 1923 г. было обнаружено тундровое сообщество на месте обширного древнего оледенения.
Богатейший флористический материал, собранный В. В. Сапожниковым в значительной степени в труднодоступных районах, был неоценимым вкладом в фонды Гербария Томского университета. Семиреченские сборы составили основу его Среднеазиатского отдела. Гербарные сборы послужили источником для описания новых видов самим автором и другими ботаниками. П. Н. Крылов использовал сборы В. В. Сапожникова наряду со своими обширными материалами для фундаментального труда «Флора Алтая и Томской губернии».
Здесь, помимо флористических работ, В. В. Сапожников проводил большие географические исследования и сделал в этой области ряд крупных открытий, знаменующих целую эпоху в исследовании Алтая.
В 90-х гг. XIX столетия было распространено мнение о незначительном оледенении Сибири и Алтая в ледниковый и современный период. В. В. Сапожников обнаружил всюдуп ризнаки достаточно мощного современного оледенения Алтая и еще более значительного — древнего. До его путешествий было известно два ледника Белухи. Исследователь изучил весь Горный Алтай, открыл три ледниковых центра, определил высоту Белухи и Чуйских Альп, первый взошел на седло Белухи. Оригинальные карты расположения современных ледников, составленные на основании инструментальных съемок, были новинкой для Алтая. Систематические наблюдения позволили сделать вывод о режиме ледников. Главная водная артерия Алтая - Катунь, с ее обширным водоразделом, была пройдена на всем протяжении, что составило 600 верст и дало материал для систематического описания бассейна реки Катуни.
По результатам экспедиции на Алтай был издан ряд работ. Книга «По Алтаю» (1897) была удостоена медали Русского географического общества, «Катунь и ее истоки» — медали имени Пржевальского (РГО) и Высочайшего подарка из кабинета Его Императорского Величества.