А самое главное, он познакомился с ботаниками других ботанических школ. Он познакомился с молодым ботаником А. А. Гросгеймом, и они вместе опубликовали список новых видов для Тифлиса и еще несколько статей, в том числе первую часть «Флоры Тифлиса». В этот период проявляются качества Шишкина как редактора, которые в дальнейшем определили его роль в советской ботанике. Возможно, Б. К. Шишкин остался бы на Кавказе еще некоторое время, но в 1924 году после смерти своего учителя он был приглашен возглавить кафедру морфологии и систематики растений Томского университета, одновременно он заведовал ботаническим кабинетом. П.Н. Крылов без выдачи дополнительного вознаграждения после смерти В. В Сапожникова заведовал ботаническим музеем.
В Томск вернулся уже вполне сложившийся ученый, с широким кругозором, познакомившийся с новыми идеями в систематике. В отличие от своего учителя, он не блистал красноречием, был суховат, по высоким научным материям не распространялся, да и времена были уже другими. Ко всем «старорежимным» специалистам относились с подозрением. Одни завидовали должности, другие успехам, не понимая, что они основаны на тяжелом, ежедневном, изнурительном труде.
П. Н. Крылов к этому времени уже жил в Томске. В Санкт-Петербурге он прожил три года. Революция, сложная суетная жизнь столицы, ухудшение материального положения, а самое главное, отсутствие родного Гербария заставили его вернуться, к радости своих учеников и последователей.
17 сентября 1918 года совет Томского университета избрал его сверхштатным ординарным профессором по кафедре ботаники без содержания. Источником существования были лекции на Высших женских курсах и заведование ботаническим кабинетом и оранжереей. Жизнь в этот период была для Крылова очень трудной. В 1921 году он потерял жену, в 1922 году сгорел его дом, который находился рядом с оранжереей.
Это была большая утрата, поскольку сгорел его личный архив, письма, документы, научные наброски. Сохранились только полевые дневники, которые хранились в Ботаническом кабинете. Он переехал в другой дом на территории университета, который сохранился и поныне.
В октябре 1920 года П. Н. Крылов обратился в совет физико-математического факультета с просьбой об освобождении его от чтения курса ботаники, чтобы дать ему возможность работать над «Флорой Западной Сибири». Обсудив это заявление, совет факультета на своем заседании постановил:
Казалось бы, жизнь пожилого ученого, прославившего Томский университет сорокалетней плодотворной деятельностью, должна быть окружена почетом и уважением, но и у него были тайные недоброжелатели. Историограф К. В. Зленко приводит «политическую» характеристику на профессора Крылова в 1925 году:
В это время Крылов вынужденно остается в городе, не имея возможности и средств организовать новые экспедиции. Этот период он всецело посвятил составлению «Флоры Западной Сибири».