Происходил он из неблагополучной семьи. Его отец Василий Макарович был из солдатских детей и служил учителем второго разряда Пермской военной гимназии, в которой дослужился до чина губернского секретаря. Большим образованием он не блистал. В семье было еще десять детей, из которых до зрелых лет дожили только трое.
Своим воспитанием Вася был обязан матери. Tкатерина Дмитриевна была родом из небогатой купеческой семьи. Но семья разорилась, и ей пришлось начинать «карьеру» ученицей в швейной мастерской. В Перми Екатерина Дмитриевна содержала небольшую мастерскую пошива одежды. На ее скромные доходы семья и существовала. Культурный уровень семьи не способствовал стремлению к учебе, и матери приходилось нанимать репетиторов по музыке и немецкому языку, чтобы как-то «вытягивать» сына из очередных учебных неурядиц. Ученье в гимназии для подвижного мальчишки, каким рос Вася, привыкшим проводить время на рыбалке, в лесу, за играми на пустыре, было хуже каторги.
Учение в гимназии было и скучным, и трудным, и совершенно не связанным с повседневной жизнью. Вот как вспоминает об этой поре А. Блок, учившийся чуть позже Сапожникова:
Денег в доме Сапожниковых никогда не хватало, что не способствовало теплым отношениям в семье. После того как отец подарил сыну старое ружье, Василий пристрастился к охоте и небольшим экспедициям, которые совершал по реке Каме, и по два-три дня не возвращался домой. В дальнейшем опыт полевой жизни в значительной степени определил пристрастия В. Сапожникова.
Семья распалась, когда Василию исполнилось 16 лет. Отец уехал на родину в Вятку. Жил он тем, что ходил по деревням и преподавал деревенским детям грамоту, переезжая из одного села в другое. Вскоре он умер.
Мать переехала в Омск с младшими детьми. Чтобы успешно окончить гимназию, Василию приходилось подрабатывать уроками. Это было очень непростое время для мальчика. По совету преподавателя гимназии Н. Я. Гурьянова в 1880 году он поступает в московский государственный университет.