Москва встретила молодого человека гулом, ярмарочными балаганами, колокольным звоном. В первый день Пасхи Василий, как и многие студенты, в новой студенческой фуражке отправился в Кремль послушать колокола. Лучше всего это описал В. А. Гиляровский:
Учиться в университете было чрезвычайно интересно: 80-е годы для России были временем технического прогресса. В Петербурге офицер Пироцкий провел первый эксперимент движения вагона по рельсам при помощи электрического тока. Другой офицер, Можайский, разработал проект аэроплана, Д. И. Менделеев, которого, вопреки мнению общественности, не выбрали академиком российской академии наук, опубликовал очередную гениальную книгу «О сопротивлении жидкостей и воздухоплавании». Восхищение вызывали технические новинки, одним из которых был спальный вагон Пульмана, так необходимый для дальних поездок.
Университетские курсы резко отличались от гимназических. Во-первых, не было никакой зубрежки и неотвратимого страха перед не выученным уроком. Во-вторых, можно выбирать любимые предметы и заниматься ими и только ими. Но были и недостатки: профессора, как правило, не адаптировали свои лекции под уровень знаний бывших выпускников гимназий, поэтому приходилось много времени уделять самостоятельной работе.
Молодой Сапожников посещал лекции известного ботаника А. П. Богданова, физика А. Г. Столетова. Органической химии он учился у профессора В. В. Марковникова. У него он делал первую курсовую работу. В дальнейшем навыки химика очень пригодились молодому ученому.
Но более всего Сапожникова покоряли лекции К. А. Тимирязева. Вспоминая вступительную лекцию К. А. Тимирязева, он писал:
Климент Аркадьевич был страстным публицистом, на его общедоступные лекции, посвященные жизни растений, приходили сотни людей. Ботаника в его словах вставала перед слушателями царицей наук, а жизнь растений была самой интересной приключенческой повестью. Петербург «болел» Тимирязевым.
В. В. Сапожников посещал его публичные лекции, учился у него ораторскому искусству. много позже он заслуженно станет называться «сибирским соловьем» и «златоустом».