Но по истечении этого срока защищает магистерскую диссертацию по «проходной» теме «Материалы к географии, морфологии и биологии альдровандии пузырчатой (Aldrovandia vesiculosa
L.)». Это удивительное умеренно тропическое насекомоядное растение напоминает американскую мухоловку в миниатюре. Расчет Коржинского был прост: растение редкое, совершенно не изученное, и приводимые факты не имеют дискуссионности.
«На днях показывал Леваковскому только что оконченную работу об Aldrovandia vesiculosa, —
писал он П. Н. Крылову, — ее географическом распространении и морфологии. Он пришел в восторг и сказал, что лучше всего представить работу на диссертацию. Во-первых, лучше тем, что она уже написана; во‑вторых, она не возбудит ни особенных возражений ни последующей полемики, как работа о черноземе, а представленный, главным образом, лишь фактический материал (и довольно солидный относительно морфологии) возбудит лишь одобрение, что, конечно, на первых порах для молодого юнца, как я, и приятнее и полезнее, чем ожесточенные ругательства. Я отчасти согласился с этим, но, к счастью, с маленьким изменением. Я думаю после экскурсии в конце лета съездить в Астрахань и сделать еще несколько наблюдений над Aldorvandia, чем я могу пополнить свою работу. Особенно интересными были бы данные относительно оплодотворения, развития семени и т. п. Aldrovandia vesiculosa, действительно, представляет большой интерес. Например, до моих исследований прорастание ее семян было вовсе неизвестно, кроме того, оказались важные географические и биологические данные».
После этого начинается стремительный взлет карьеры С. И. Коржинского как ботаника, путешественника и мыслителя. 26 апреля 1887 года он защищает магистерскую диссертацию, 15 мая 1888 года — докторскую диссертацию «Северная граница черноземно-степной области восточной полосы Европейской России в ботанико-географическом и почвенном отношениях».
Насколько велико было на него влияние П. Н. Крылова, свидетельствует отрывок его письма от 25.10.1887 года: «Сочинение мое я намерен посвятить имени одного почтенного деятеля по ботанической географии, знаменитого исследователя пермской флоры, человека, которому я лично обязан очень многим в направлении и характере моей деятельности. Я надеюсь, дорогой Порфирий Никитич, что вы не будете ничего иметь против этого посвящения. Кроме моего личного уважения к Вам, как ученому и человеку, мне кажется, что долг почтить имя человека, отдавшего все науке и не получившего от нее ничего, лежит на мне, как ближе стоящему к Вам и, кроме того, лично обязанному Вам весьма многим. Наконец, Ваши исследования и были поводом в моей настоящей работе».