Экономическое и политическое положение арабских поселенцев в Египте мало чем отличалось от положения коптского населения, и в восстании 831 года, начавшемся после гражданской войны между аль-Амином и аль-Мамуном, копты и арабы действовали сообща. В 832 году посетивший Египет аль-Мамун разместил там части хорасанской армии и назначил в качестве наместника Абдаллаха ибн Тахира, который, в свою очередь, поручил управление страной своему чиновнику. С этого времени в Египте постоянно главенствовали тюркские военачальники.
Перенос столицы империи в Ирак несколько ослабил контроль центральной власти над средиземноморскими провинциями. В дела Египта багдадские правители вмешивались мало. Частая смена назначавшихся халифом правителей и жестокое обращение с сельскими жителями чиновников-временщиков, непрестанно повышавших налоги, стали причиной упадка земледелия и сокращения собираемых урожаев, что приводило к массовому бегству коптских крестьян в города. А вводимые правителями в интересах казны государственные монополии на торговлю многими товарами вредили внутренней и заморской торговле и приводили к деградации традиционных ремесел. Некомпетентная и слабая власть в провинции оказывалась не в состоянии предотвращать нападения византийского флота на незащищенное побережье.
В 868 году в Египет был назначен халифом новый наместник, уже упоминавшийся нами тюрок Ахмад ибн Тулун. Сначала его власть была ограничена разделением его администрации на военное, налоговое и почтовое ведомства и изъятием из его юрисдикции Александрии и некоторых приморских районов, но позднее Ибн Тулун стал неограниченным правителем Египта, формально правившим страной от имени халифа. Он сумел добиться сокращения дани, ежегодно отправляемой в Багдад, построил крепость Катаи, создал хорошо обученную армию из тюрок, греков и суданских невольников. Конфликт центральной багдадской власти с вышедшим из подчинения Ибн Тулуном и сменившими его правителями Египта из династии Тулунидов стал неизбежным. В 904 году под предлогом подавления карматского мятежа в Сирии, армия халифа аль-Муктафи во главе с халифским военачальником Мухаммадом ибн Сулайманом вторглась в Египет; последний тулунидский эмир Харун (896 –905) был убит, а уцелевшие члены рода Тулунидов высланы в Багдад. Египет был вновь возвращен под власть багдадских халифов.
В течение нескольких десятилетий Египет находился под надзором присылавшихся из Багдада военных правителей и интендантов иракского и иранского происхождения. Их неэффективное правление привело к экономическому упадку страны и сопровождалось неоднократными вторжениями Фатимидов.
Фатимидский халиф аль-Махди (909 –934) с вожделением смотрел на богатейшую провинцию империи, переживавшую в конце IX и в первые годы X века глубочайший экономический и политический кризис. С момента избрания его халифом-имамом он строил планы расширения своего государства, и его политические амбиции простирались далеко за пределы Ифрикии. Однако первые попытки аль-Махди продвинуть границы своих владений на восток успеха не имели. В 914 году его армия во главе с аль-Каимом вторглась в Египет и сумела захватить Александрию и проникнуть в Фаюмский оазис, но аббасидский халиф аль-Муктадир (908 –932) направил в Египет войско во главе с военачальником Мунисом, магрибинская армия была разбита и отступила в новую столицу Ифрикии аль-Махдию.
Новая попытка вторжения в Египет по суше и морю была предпринята аль-Махди в 919 году. Однако флот Фатимидов был потоплен близ Розетты, а сухопутная армия, сумевшая вновь захватить Александрию и даже проникнуть в Верхний Египет, была вытеснена в конце 920 года из страны наместником Аббасидов. После этого поражения Фатимиды вынуждены были некоторое время воздерживаться от новых попыток вторгнуться в Египет.
Положение Фатимидов в самой Ифрикии осложнялось всеобщей неприязнью к ним со стороны как жителей Кайравана, так и сельских поселений, откровенно радовавшихся поражениям их армии в Египте. Недовольство Фатимидами арабо-суннитского населения Кайравана и берберско-хариджитских племен вылилось в 943 году в большое восстание. Повстанцы объединились в общем стремлении избавиться от фатимидского господства. Во главе восстания встал школьный учитель Абу Йазид. Он овладел Кайраваном и в 945 году начал осаду главной фатимидской крепости и столицы – альМахдии, но, не добившись успеха, вынужден был отступить в Кайраван.
В 946 году аль-Каим умер, и фатимидским халифом стал его сын аль-Мансур (946 –953). Реорганизовав армию и воспользовавшись разногласиями между жителями Кайравана и берберами-хариджитами, он овладел столицей Ифрикии и вынудил берберов отступить в горы. Во время преследования хариджитов их предводитель Абу Йазид был убит.