Между тем, опасаясь возобновления попыток вторжения в Египет со стороны Фатимидов, новый аббасидский халиф ар-Ради (934 –940) назначил наместником страны тюркского военачальника из Средней Азии, отец которого служил в армии Тулунидов, Мухаммада ибн Тугджа аль-Ихшида (935 –946). Ибн Тугдж сумел добиться самостоятельности в управлении страной. Он и его преемники – Ихшидиды («ихшид» – иранский титул со значением «князь», «правитель») правили страной до 969 года. Они сумели воссоздать сильную армию в том виде, в каком она существовала при Тулунидах, и успешно противостояли всем попыткам фатимидского вторжения.
Установление в Египте власти Тулунидов и Ихшидидов ознаменовало возникновение новой системы регионального управления в исламском государстве. Тулуниды и Ихшидиды стремились не к выходу из состава Аббасидской империи, а, в отличие от Омейядов в Испании или Идрисидов в Марокко, к установлению режима личной власти в пожалованных им владениях. Ибн Тулун, суннит, был верен принципу исламского единства, и целью его была не полная независимость, но автономия в пределах исламской ойкумены. Примерно на такой же позиции стоял Мухаммад ибн Тугдж. Он поддерживал с Аббасидами самые дружественные отношения, тем более что у него, как и у багдадских правителей, были общие враги в лице Фатимидов и пытавшихся сохранять независимость мелких правителей Сирии.
Опираясь на хорошо обученную армию, Ибн Тугдж сумел захватить и удержать под своим контролем центральную и южную части Сирии, оставив в руках аббасидского военачальника Ибн Раика ее северную часть, позднее ставшую добычей местной династии Хамданидов. Ибн Тугдж оказался для Фатимидов серьезным противником, и, когда фатимидский халиф аль-Каим в 936 году предпринял очередную попытку проникнуть в Египет и захватить Александрию, Ибн Тугдж вновь сумел изгнать берберское войско обратно в Магриб. После этой неудачи Фатимиды, занятые борьбой с хариджитами, на протяжении почти трех десятилетий не предпринимали новых походов в Египет.
В 946 году Ибн Тугдж умирает, и пост эмира наследуют его два малолетних сына, опекуном которых и фактическим правителем страны становится деятельный и умелый политик, нубийский евнух Кафур, которого в 966 году аббасидский халиф оказывается вынужденным и формально утвердить на этом посту. Кафур, как и его предшественник Ибн Тугдж, проявляет полную лояльность по отношению к Багдаду. Его позиция в Египте оказывается достаточно прочной, и Фатимиды на время отказываются от осуществления своих завоевательных планов на востоке.
При господстве Тулунидов и ранних Ихшидидов Египет процветал. Разумная фискальная политика правителей пополняла казну, а реформа административного аппарата значительно сократила расходы. Ихшидиды впервые со времени арабского завоевания установили регулярную выплату жалованья гражданским чиновникам. Как и Тулуниды, они уделяли внимание улучшению системы ирригации и осушению болот, что способствовало повышению урожаев. Можно сказать, что со времен Птолемеев Египет впервые стал мощной, независимой и экономически процветающей державой.
Хотя Тулуниды и Ихшидиды всячески покровительствовали литературе и искусству (например, Кафур пригласил ко двору крупнейшего арабского поэта аль-Мутанабби), их приход к власти не сопровождался национальным и культурным возрождением, подобным иранскому. Ибн Тулун и Ибн Тугдж, как и их преемники, были тюрками, Кафур – нубийцем, их армия состояла из тюрок, греков, суданцев и негров, и исконные египетские культурные традиции были им чужды. Даже высшие чиновники государства были приглашены из Ирана. В архитектуре они имитировали имперский иракский стиль и следовали художественным вкусам мусульманского Востока. Вместе с тем они стремились сделать Египет сильным государством и проводить самостоятельную политику. Они создали сильную армию наемников, одну из самых могущественных в исламском мире, но после смерти основателей династии армия постепенно начала выходить из повиновения и утратила первоначальную организованность и боеспособность.
Тем временем Фатимиды не отказались окончательно от своих завоевательных планов. Их сторонники вели в Египте активную исмаилитскую пропаганду. Обстановка в Халифате в середине X века благоприятствовала осуществлению этих планов. В 945 году Аббасиды попали в зависимость от Бувайхидов – династии шиитов-имамитов, – не испытывавших враждебности к Фатимидам, и халифы не могли оказать Египту существенной помощи в борьбе с Фатимидами. Сам же Египет при последних Ихшидидах находился в состоянии политической анархии. При Абу-ль-Хасане Али (961 –966) низкий уровень Нила привел к голоду, а при Кафуре на Египет обрушилось страшное землетрясение. В 968 году Кафур умирает, и Фатимиды, видя тяжелое экономическое положение страны и царящую в ней анархию, начинают готовиться к новому вторжению.