Величайшим шедевром Лонгены стала церковь Санта-Марияделла-Салюте, которая занимала его на протяжении большей части его долгой карьеры. В 1630 г., во время ужасной шестнадцатимесячной эпидемии чумы, во время которой умерло 46 490 жителей города, Сенат принял решение о строительстве вотивного храма, посвященного Деве Марии, покровительнице здоровья. Город всегда остро осознавал свою уязвимость перед эпидемиями, и этот страх проявлялся в том, как вспышки чумы стимулировали некоторые из самых экстравагантных строительных проектов. Строительство церкви и скуолы Сан-Рокко, посвященной св. Роху, который, как считалось, исцелял жертв чумы, было в значительной степени профинансировано благодаря пожертвования от неравнодушных людей. Огромные государственные средства были потрачены на церковь Реденторе постройки Палладио после великой чумы 1575–1577 гг. То, что Салюте была задумана как эквивалент Реденторе XVII в., отражено во многих аспектах ее проекта, как мы увидим позже.
Из одиннадцати проектов, представленных в Сенат, только два были признаны достойными серьезного рассмотрения. Одним из них был план продольной церкви Антонио Смеральди, которого также называли Фракао, и чей отец Франческо построил палладианский фасад соборной церкви Сан-Пьетро-ди-Кастелло. Другим был центрический план Лонгены, которую он сам назвал в сопроводительном письме «машина-ротонда». Знаменательно, что слово «machina», означающее здесь большое здание, также использовалось для описания праздничных плавучих средств, используемых в венецианских регатах. Форма модели Лонгены, беспрецедентная для венецианской церковной архитектуры, должно быть, напомнила венецианцам об этих вычурных высоких сооружениях, имеющих форму карусели, чтобы выглядеть эффектно с любой точки зрения.
Как и в случае с Реденторе, Сенат ожесточенно спорил о достоинствах центрического и продольного планов, так и в выборе модели Лонгены не было единодушия. В конце концов, он был выбрана 66 голосами против 39, к большому негодованию Смеральди. Лонгена отнюдь не был неизвестным гением, как хотелось бы верить потомкам. Благодаря деятельности своего отца-каменщика и преподаванию Скамоцци, он завел полезные знакомства в городе. Действительно, ему уже было поручено перестроить собор Кьоджи, и, вероятно, на этом раннем этапе своей карьеры он отвечал за перестройку или модернизацию четырех важных патрицианских дворцов в Венеции. Мураро предположил, что Лонгену, который, очевидно, уже был знаком с новым дожем Николо Контарини более чем профессионально, поддерживали более радикальные члены Сената, те, кто придерживался политики Контарини, и главный защитник венецианской религиозной независимости Фра Паоло Сарпи. Это были более молодые представители знати, которые поддержали позицию Венеции против папского интердикта и защищали ее противоречивые дипломатические, политические и торговые связи с протестантским миром. Между тем, менее авантюрная модель Смеральди, вероятно, понравилась более консервативным элементам в Сенате. Но одного только послужного списка Лонгены как архитектора было бы достаточно, чтобы поколебать решение.
Важное политическое послание, которое должна была нести новая церковь, помогло оправдать огромные расходы. Очень быстро, по мере того как церковь занимала свое незаменимое место на венецианской сцене, она также стала частью мифологии Венеции. В длинной поэме, написанной священником Лоренцо Лонго и опубликованной в 1644 г., всего через тринадцать лет после основания церкви, рассказывалось, что Дева Мария явилась дожу в видении, неся на руках модель церкви. В поэме также утверждалось, что Лонгене, которого Лонго называл «новым Палладио», во сне было предсказано, какую форму должен принять его проект. Чудесное происхождение удивительным образом символизируют резные каменные херувимы на набережной, поддерживающие платформу, на которой стоит церковь, как будто церковь была перенесена на место ангелами, подобно легендарному переносу Святого дома Лорето.