Описание иконографии церкви в поэме позволяет предположить, что поэт рассматривал ее как декларацию приверженности венецианцев своей собственной марке католицизма, которую отстаивал мыслитель Сарпи. Согласно поэме, статуя Богородицы над входом должна была быть окружена статуями четырех венецианских святых – Сагредо, Магно, Лоренцо Джустиниани и Джероламо Эмилиани, как бы указывая на самодостаточность венецианской общины. Церковь со скульптурой, описанная в поэме Лонго, изображена на гравюре Марко Боскини, опубликованной в том же 1644 г. Упорное сопротивление Республики папскому вмешательству также отражено в том, что церковь была поручена монахам из ордена сомасков, единственному религиозному ордену, основанному непосредственно в Венеции. Монахи-сомаски отвечали за подготовку священников и клириков и играли особенно важную роль в городе после изгнания иезуитов в результате папского интердикта в 1606 г. Иезуиты, активно работавшие во всех областях образования, считались нежелательными распространителями папской ортодоксии и жестких идей Контрреформации.
В итоге Республика не смогла сохранить эту вызывающую позицию. Нуждаясь в поддержке всего католического мира в продолжающейся борьбе с турками, она начала идти на компромиссы. Радикальный элемент в Сенате начал терять позиции в борьбе с более консервативными членами, которые традиционно поддерживали более тесные связи с папством, и в 1657 г. иезуитам, наконец, было разрешено вернуться. В результате иконография церкви Салюте приняла более ортодоксальную контрреформационную позицию. На самом деле, программа, разработанная Лонго и Боскини, возможно, никогда не была чем-то большим, чем пропагандистским упражнением.
В самом храме четыре венецианских святых были заменены ангелами, а на огромном куполе была установлена статуя Богородицы с короной из двенадцати звезд. Эта фигура, стоящая на полумесяце, подобно видению в Апокалипсисе, которое традиционно ассоциируется с Непорочной Девой, заняла место Михаила Архангела, изображенного на гравюре Боскини. Таким образом, доминирующим посланием церкви стало совершенствование Непорочной Девы, зачатой без греха, ради победы над злом. Это мощное выражение ортодоксальной теологии Контрреформации одержало победу над патриотическим выражением венецианской самоуверенности, о которой говорили Лонго и Боскини. Действительно, конкурсное предложение Лонгены в 1631 г. недвусмысленно указывало на значение его проекта:
Эта церковь, имеющая тайну посвящения … Пресвятой Деве, заставила меня подумать, с тем небольшим талантом, которым наделил меня Бог, построить церковь в форме ротонды, т. е. короны, поскольку она посвящена Деве.
Как мы уже видели, в Италии существовала древняя традиция планировать богородичные церкви центрически, и Лонгена, безусловно, знал об этом. Круглая церковь Мадонны-ди-Кампанья, построенная Санмикели в окрестностях Вероны, была недавним ярким примером этого, хотя Лонгена, так сказать, вывернул всю модель наизнанку, разместив непрерывный амбулаторий внутри церкви, а не как наружный портик.
В венецианском католицизме Дева Мария была любима и почитаема. В конце концов, венецианцы не были безрелигиозными – их сопротивление папскому вмешательству лишь заявляли, что они желают принимать свои собственные решения по литургическим и другим церковным вопросам. Сопоставление добродетелей города с добродетелями Богородицы было постоянной темой в иконографии Республики. Согласно венецианской мифологии, дата основания города была также праздником Благовещения Богородицы. О ее ответственности за основание города, а также о ее защите здоровья говорит надпись в центре пола нефа: UNDE ORIGO INDE SALUS (ГДЕ ИСТОК, ТАМ И СПАСЕНИЕ).
Феста делла Салюте, дата ежегодного процессионного визита дожа в новую церковь, была назначена на 21 ноября, день праздника Введения Богородицы. В поэме Лонго утверждалось, что пятнадцать ступеней перед Салюте были предназначены для явной ссылки на Храм Соломона в Иерусалиме, где должно было произойти само Сретение. (В действительности ступеней шестнадцать, а в первоначальном меморандуме Лонгены было указано только тринадцать). Помимо сложной богородичной символики, не была забыта и первоначальная функция церкви как средства защиты от чумы. В группе статуй Джусто Ле Корта над главным алтарем Дева Мария с одной стороны обрамлена олицетворением Венеции, коленопреклоненной в молитве, а с другой – отвратительной старой ведьмой, олицетворяющей чуму, убегающую прочь.