Ранней весной 1909 г. экипаж «Фубо» обнаружил, что над Пратас развевается японский флаг, а главный остров атолла переименован в «остров Нисидзава». Купец заявил китайским морякам, что острова никому не принадлежат и заняты им на том основании, что находятся в водах Тайваня, отошедшего к Японии по условиям мирного договора 1895 г. Командир транспорта У Цзинжун выставил на атолле вооруженный пикет с приказом не допускать разработку и отгрузку гуано. После этого вопрос о принадлежности Пратас был передан на рассмотрение дипломатов. Японское правительство было поглощено продолжающимся соперничеством с Россией за господство в Маньчжурии и не стало размениваться на мелочи. Императорский посол в Токио получил приказ уступить требованиям Китая на условиях полной компенсации потерь Нисидзавы, в сумме составивших более 200 000 серебряных лян.
Не дожидаясь окончания переговоров, Ли Чжунь в начале апреля 1909 г. направил «Фубо» (командир У Цзинжун) и «Чэньхан» (командир Лю Икуань) к Парасельским о-вам. Общее командование отрядом было возложено на Линь Госяна. Помимо моряков, в состав экспедиции входили взвод армейской пехоты и бригада рабочих - последние должны были заниматься установкой на островах флагштоков и памятных стел. Корабли посетили острова Драммонд (совр. Цзиньциндао), Роберт (совр. Ганьцюаньдао), Пэттл (совр. Шаньхудао), Дункан (совр. Чэньхандао) и др. На каждом из них был установлен памятный знак с надписью: «Инспекция предпринята по приказу командующего Гуандунским флотом в 33 году правления императора Гуансюя».[* На самом деле, со 2 декабря 1908 г. Китаем формально правил император Сюаньтун (Пу И), но знаки изготовили заранее и переделывать не стали.] Все острова получили новые названия, причем два - в честь кораблей экспедиции (одно из них и сейчас присутствует на китайских картах архипелага). Еще один островок был назван в честь Ли Чжуня.
24 апреля 1909 г. отряд вернулся в Гуанчжоу. Результаты экспедиции ныне активно используются для обоснования суверенитета КНР над Парасельскими островами, оспариваемого Вьетнамом. Группа островов Наньша (Спратли), лежащая значительно дальше к югу от Сиша, не была включена в программу инспекции. Не имея возможности контролировать отдаленные районы Южно-Китайского моря, власти Лянгуана в 1908 г. передали права на освоение островов Наньша компании «Бритиш Острэлиэн Гуано Лимитед».
Летом 1909 г. к о-вам Сиша и Дунша был послан минный крейсер «Фэйин» в сопровождении одного из патрульных судов гуандунской таможни. Построенный в 1895 г. в Германии «Фэйин» значительно превосходил все корабли Гуандунского флота. 11 октября 1909 г. Япония официально признала суверенитет Цинской империи над о-вами Пратас. Пекин согласился выплатить Нисидзаве 160 тысяч лян из 200 - остальное было удержано в качестве штрафа за разрушение кумирни и кладбища. В ноябре 1909 г. «Фубо», «Чэньхан» и «Гуанхай» (по другим данным, вместо него в экспедиции участвовала канонерка «Гуанцзинь») направились к атоллу для возвращения последнего под китайскую юрисдикцию. 19 ноября все подданные микадо были эвакуированы, после чего состоялась церемония с участием правителя области Гуанчжоу Цай Кана и японского консула. Подъем китайского флага сопровождался артиллерийским салютом из 21 выстрела - в исторической литературе КНР это событие именуется «первым успешным возвращением захваченных китайских территорий».
Действия Гуандунского флота в Южно-Китайском море совпали с реформой цинских ВМС. В 1909 г. на смену старому морскому ведомству (Цзунли хайцзюнь шиу ямэнь) пришло Министерство по делам организации флота (Чоубань хайцзюнь шиу чу) во главе с принцем Цзай Сюнем. В 1910 г. ведомство было переименовано в Морское министерство (Хайцзюнь бу). Наньянский и Бэйянский флоты были объединены под единым командованием, появились крейсерская эскадра и речная флотилия Янцзы. Гуандунский флот был переименован в Эскадру провинции Гуандун (Аохай цзяньдуй), но продолжал оставаться под контролем местных властей.
Последним пополнением Гуандунской эскадры накануне Синьхайской революции 1911 г. стала серия речных канонерок, построенных в Гонконге в 1908-1909 гг.: «Цзянгун», «Цзянда», «Цзянгу», «Цзянъань» и «Цзянхань». Они имели водоизмещение 250 т, длину 44 м, ширину 6 м, осадку 2,2 м, развивали скорость 14 уз и вооружались одной 75-мм пушкой и 2-4 пулеметами. Экипаж состоял из 62 человек.
Правительство молодой Китайской Республики сделало попытку окончательно объединить все военно-морские силы страны, но она оказалась сорвана региональными милитаристами, во второй половине 1910-х гг. взявшими курс на подготовку к гражданской войне. Большинство из них не нуждалось во флоте, а случайно доставшиеся корабли рассматривало как товар. Так, гуандунский генерал Мо Жунсин в 1918 году за 900 000 юаней продал за границу транспорт «Гуанхай». В то же время, именно гражданская война привела к неожиданному усилению Гуандунской эскадры.