Ввиду того что войска 1-го Белорусского фронта в течение двухмесячных непрерывных боев продвинулись на 500-600 км, их тыловое обеспечение значительно осложнилось. С выходом на Вислу наступательные возможности армий, по существу, иссякли. В этих условиях войскам 1-го Белорусского фронта 29 августа Ставкой был дан приказ перейти к обороне на всем фронте. Однако в целях улучшения своего положения армии фронта при поддержке авиации в сентябре — октябре на некоторых участках все же вели частные наступательные операции. Наступление войск началось 3 сентября при поддержке авиации.
В первый же день сентября отличились лётчики 3-й АЭ: звено Р-39 во главе с замкомэском ст. л-том Митрохиным С.Г. вылетело для нанесения бомбового удара по ж.д. станции Насельск. После успешно штурмового удара по станции звено повернуло на свой аэродром. На обратном пути звено было атаковано парой FW 190. В завязавшемся бою лейтенант Зварыкин Г.И. сбил ведущего этой пары, а ведомого заставил обратиться в бегство.
12 сентября, выполняя боевое задание по сопровождению группы из 9 бомбардировщиков А-20 "Бостон" для удара по станции Утрата, наши бомбардировщики были атакованы группой истребителей противника в составе 6 Bf 109 и 2 FW 190. Прикрывавшая бомбардировщики группа истребителей из состава 1-й АЭ атаковала противника и сковала его боем, не допустив к своим бомбардировщикам. Ст. л-нт Птицын А.И. сбил один "мессершмитт", который упал в 2-3 км севернее станции Утрата. При отходе от цели огнём ЗА противника был подбит самолёт мл. л-та Ныркова М.А., который, перетянув линию фронта, совершил вынужденную посадку на "живот".
14 сентября во время выполнения боевого задания в составе пары Р-39 при бомбардировке и штурмовке железнодорожных эшелонов на ст. Блоха юго-западнее Варшавы огнём зениток противника был сбит самолёт мл. л-нта Сахарного Александра Петровича. Летчик выпрыгнул с парашютом, приземлился на территорию противника и попал в плен, а впоследствии погиб 30 октября 1944 г. при попытке побега. В этот же день, 14 сентября, полк перебазировался на аэродром Гоцлав.
16 сентября, на выполнение боевого задания по прикрытию наших наземных войск была поднята в воздух шестерка Р-39 под командованием зам. к-ра АП капитана Елисеева Г.К. Прибыв в район патрулирования, наша группа была наведена наземной радиостанцией "Тигр" на группу вражеских самолетов в составе 6 пикировщиков Ju 87, которых прикрывали 2 FW 190 и 2 Bf 109. Капитан Елисеев сразу перешёл в атаку на противника и в завязавшемся воздушном бою противник был разбит и обращён в бегство. Было сбито 4 самолёта противника: капитан Елисеев в паре с ведомым мл. л-том Камелиным А.П. сбили один "юнкере", капитан Деев Б.Г. - ещё один пикировщик, а л-нт Кармин и его ведомый мл. л-нт Николаенко - по одному FW 190. К сожалению, не обошлось без потерь: в этом воздушном бою был сбит мл. л-нт Карпезин Виктор Петрович - его самолёт упал на территорию противника недалеко от Варшавы, лётчик погиб.
В этот же день при выполнении полёта на "свободную охоту" в район Варшавы, пара Р-39 под командованием л-та Лякишева А.Ф. произвела успешное бомбометание по аэродрому противника вблизи Варшавы. На аэродроме наблюдались сильные взрывы.
Во второй декаде сентября войска 47-й армии проводили операцию по уничтожению варшавского предполья немцев и освобождению от оккупантов предместья Варшавы — Праги. Для поддержки и прикрытия войск были выделены 221-я БАД и 9-я гвардейская НБАД, 2-я и 11-я гвардейские ШАД, 6-й ИАК и 282-я ИАД.
Истребители 16-й воздушной армии наряду с обеспечением войск фронта с 13 сентября прикрывали занятые повстанцами районы Варшавы от бомбардировок фашистской авиации. Кроме того, в период 16-19 сентября истребителями 6-го ИАК было проведено 14 штурмовок самолетов противника на аэродромах Океньче и Модлин, откуда немецкая авиация совершала налеты по районам, занятым повстанцами Варшавы.
17 сентября группа Р-39 из состава 1-й АЭ под командованием ст. л-та Митусова А.И., прикрывая наши войска в районе Прага-Варшава, встретил пару истребителей противника FW 190. В завязавшемся бою Митусов сбил один "фоккер", а второй обратился в бегство.
18 сентября - прикрывая плацдарм наших войск в районе Варшавы, при наблюдении и фотографировании сброса грузов для повстанцев с "Летающих крепостей", на высоте 600 метров, был сбит зенитным огнем противника самолёт зам. командира 3-й АЭ ст. л-та Митрохина Семёна Герасимовича. Раненый пилот пытался на горящем самолёте дотянуть до своей территории, но, видя, что это ему не удастся, на горящем самолёте врезался в скопление вражеских войск и погиб.