По результатам деятельности мальтийских истребителей за 15 июня были подведены следующие итоги: 170 вылетов на прикрытие конвоя совершили «Спитфайры» и 17 «Бофайтеры», заявив уничтоженными достоверно три Ju- 88, три Ju-87, три Me-109, два BR-20 и два гидросамолета, вероятно два Ju-88, один Ме-109 и один МС.200 и поврежденными еще 11 вражеских самолетов. Это совершенно не соответствовало действительности. На самом деле, на счету английских истребителей было только два Ju-88 (оба сбитых из KGr 606), один итальянский Ju-87 и один Ro.42. Потери мальтийской авиации в воздушных боях составили три «Спитфайра» и один «Бофайтер».
Замысел операции предусматривал, что конвой подойдет к Мальте в конце дня, и тральщики проделают проходы, используя последние часы светлого времени, а к разгрузке судов можно будет приступить ночью, не опасаясь воздушных атак на порт. Но из-за задержки в результате боя у Пантеллерии суда подошли к Мальте уже в темноте. «Каир» и эсминцы сопровождения вместо того, чтобы отправиться на запад и под покровом темноты форсировать Сицилийский пролив, теперь вынуждены были идти в Ла-Валетту для пополнения боеприпасов. Тральщики и катера из состава охранения конвоя не имели представления о своих обязанностях по расчистке подходов к гавани - это попросту не было спланировано на совещании перед походом в Гибралтаре. Ко всему командующий на Мальте вице-адмирал Литэм дал недостоверную информацию о направлении фарватера, а Харди отказался ждать тральщики, находившиеся в хвосте конвоя. В результате всего этого конвой попал на итальянское минное поле у самого входа в гавань. «Орари» подорвался на мине в 360 метрах от мола, но остался на плаву. «Куявяк» же подорвался и затонул до того, как его смогли взять на буксир; погибло 13 членов экипажа. «Матчлесс», «Бэдсуорд» (9 погибших) и тральщик «Хиби» также подорвались на минах, но, несмотря на тяжелые повреждения (последний вошел в гавань с 8-футовой пробоиной над килем в левом борту и поврежденным правым винтом), добрались до гавани и были впоследствии отремонтированы; Харди впоследствии были выставлены претензии по поводу того, что он сообщил Дорану неверные сведения о фарватере. Кроме того, при возвращении на Мальту на мине подорвался и погиб дрифтер «Джустифилд», использованный в качестве плавучего маяка для прохождения судов конвоя.
«Орари» и «Труалю» вошли в гавань Ла-Валетты в 01:00 16 июня. Уже в 01:45, а затем в 03:00 прозвучали воздушные тревоги - итальянцы бомбили остров и Гранд-Харбор. В 04:20 новая тревога, и три «Спитфайра» 126-й эскадрильи поднялись в воздух. В 04:55 снова тревога и взлетели еще четыре «Спитфайра» 603-й эскадрильи. В 05:45 на подходе к Гранд-Харбору появились «12 Ме-109 и 4 Ju-88». Им навстречу были подняты четыре истребителя 249-й и четыре 185-й эскадрилий. Совместно с уже находившимися в воздухе «Спитфайрами» 603-й эскадрильи, они заставили повернуть противника на северо-восток и безуспешно отбомбиться по стоянке боевых кораблей в Гранд- Харборе, предположительно сбив один Ме-109. Над внутренней гаванью подняли аэростаты заграждения и поставили дымзавесу, а в 06:00 приступили к разгрузке «Орари» и «Труалю», при этом первый разгружали военнослужащие базы, а второй - мальтийские грузчики, которых поселили прямо на пирсе. Выгрузка продолжалась непрерывно днем и ночью до 20 июня и могла быть прервана только при непосредственной угрозе гавани крупных сил вражеских бомбардировщиков, до чего не дошло.
«Каир», «Уэлшмэн», два эсминца и два эскортных миноносца вышли из Ла-Валетты в 18:30 16-го, и, после еще нескольких воздушных нападений, следующим вечером встретили эскадру адмирала Кэртейса. «Малайя» и авианосцы еще ранее были отосланы назад в Гибралтар, и теперь «Кения» с «Карибдисом» и уцелевшими кораблями Харди отправились туда же вслед за ними.
Таким образом, операция «Гарпун» завершилась. Два из шести торговых судов достигли острова, доставив 13 552 т грузов, из которых около 1500 т угля на «Орари» были приведены в негодность после подрыва на мине. Кроме того, были потеряны эсминец и эскортный миноносец, а крейсер, два эсминца, эскортный миноносец и тральщик были серьезно повреждены. Жестоким ударом стала потеря танкера с грузом авиабензина. Однако до «разгрома», расписанного итальянским историком адмиралом М.-А. Брагадиным, было как пешком до неба.