Недостаточную мощность двигателя по-прежнему восполнить было нечем. Производство применявшегося ранее на опытных образцах автобусного двигателя ЗИС-16 не возобновили ни в Миассе, ни на московском заводе. Несколько остававшихся там двигателей ЗИС-16 погоды не делали, хотя и породили легенды о более мощном двигателе ЗИС-42 (84 л.с.), которым якобы с 1944 года комплектовались тягачи ЗИС-42М, развивавшие при этом максимальную скорость до 45 км/ч. С трудом на воинском складе № 511 нашли пару новых моторов ЗИС-16, но испытания, проведенные в феврале 1944 года, показали их некондиционные сборку и регулировку и как результат — большой недобор мощности (не более 58 л.с.), которую так и не удалось повысить перерегулировкой карбюратора МКЗ-6. Новый миасский двигатель ЗИС-МФ (95 — 99 л.с.), предназначавшийся в первую очередь для арттягача Я-13Ф и других более важных гусеничных объектов, осваивался с трудом, и рассчитывать на него создателям малоудачного полугусеничного автомобиля не приходилось. Собственно, машине для полной реализации своих неплохих сцепных возможностей не хватало не столько мощности, сколько крутящего момента на ведущих звездочках, то есть достаточного силового диапазона трансмиссии (за счет коробки передач— всего 6,59). Расширение этого диапазона до 14,83 (путем установки на одном из ЗИС-42М демультипликатора от "Студебекера") увеличило силу тяги по грунту до 4425 кгс, но привело, как и следовало ожидать, к недопустимой перегрузке стандартных силовых агрегатов от ЗИС-5, не говоря уже о цепной передаче и гусенице.
Сделанные еще в январе 1943 года попытки заменить цепную передачу на карданную (с двумя коническими редукторами на каждый борт) на опытном полубронированном ЗИС-43 (с 37-мм зенитной пушкой и двумя ДШК) незначительно повысили надежность трансмиссии, но заметно увеличили ее массу, размеры (а они определяли боковые габариты всей машины, и так немалые) и, кроме того, трудоемкость изготовления (соответственно и стоимость). Складывалась тупиковая ситуация: ЗИС-42 не поддавался никакому радикальному "лечению" — сказывалась порочность конструктивной концепции. Это и подтвердили испытания модернизированного ЗИС-42М (шасси № 2109) с артсистемой М-30 на крюке, проводившиеся с 25 октября по 26 декабря 1943 года в Подмосковье. И хотя заложенные в него усовершенствования получили положительную оценку, многие прежние недостатки (низкая надежность, плохие динамика, маневренность, экономичность) сохранились.
Фронтовой опыт выявил и новые: отсутствие буферов впереди и сзади, плохой буксирный прибор, большая погрузочная высота, отсутствие необходимой лебедки и раздельного торможения гусениц при повороте (в гололед совершенно терялось управление). Гарантийный пробег в 6000 км никогда не выдерживался. Требовался и привод на передние колеса — по опыту эксплуатации американских полугусеничных бронетранспортеров типа М2. Интересно, что подобный автомобиль с передним ведущим мостом на основе ЗИС-К-2 и задней гусеничной тележкой от "ВЗ" был построен в НАТИ еще в ноябре 1939 года, но дальнейшего развития из-за большой трудоемкости изготовления (два новых агрегата — раздаточная коробка и передний ведущий мост) не получил. А в войну освоение его было тем более нереально.
ЗИС-42М пошел в войска, начиная с весны 1944 года, и большая часть всех выпущенных "сорок вторых" (около 55%) относится именно к этому модернизированному варианту. Несмотря на то, что в нем практически не оставалось детали, не подвергнутой изменениям, доработки по ЗИС-42М шли еще долго, до конца войны. Произошли сдвиги и в сознании основного заказчика. К1944 году в артиллерийских частях действующей армии наконец-то поняли, что эффективность и безаварийность эксплуатации ЗИС-42 напрямую зависят от грамотного ухода и правильного его применения.
А пользу тягачи ЗИС-42 все-таки приносили немалую. Так, на этих машинах, собранных по инициативе командующего 59-й армией генерала И.Т.Коровникова со всего Волховского фронта, с пехотой в кузове и с артиллерией на крюке, наши войска неожиданно для немцев, чувствовавших себя в полной безопасности, появились на окраинах Новгорода, окруженного непроходимыми снежными заносами. Это позволило освободить город с минимальными потерями в тот же день, 20 января. Командование Южного фронта признавало, что без ЗИС-42 в весеннюю распутицу 1944 года на Украине, остановившую всю колесную и немало гусеничной техники, вплоть до танков, не удалось бы решить большинства транспортных задач. Здесь это был единственный автомобиль-тягач, который мог уверенно передвигаться по размокшему вязкому чернозему. Поэтому производство ЗИС-42М и в 1944 году сохранялось на достаточно высоком уровне — 2334 машины.