Обстановка в его жилище осталась столь же скромной, как в студенческие годы. В доме не было прислуги, на обед подавали самую простую и не слишком обильную пищу. Зато с детства усвоенное правило «я сильнее и помогать должен» приобрело новые масштабы. Куинджи буквально раздавал свои деньги направо и налево. «Ведь вы знаете, что делается? Кругом такая нищета, что не знаешь, кто сыт, кто нет… Идут отовсюду, всем нужно помочь…» – оправдывал он свою «расточительность». Сотнями тысяч он жертвовал на благотворительность, на премии для начинающих художников и устройство вернисажей. Куинджи не был тщеславен и ничего не требовал взамен. Случалось, услышав в разговоре, что кому-то приходится туго, он смущенно передавал деньги через знакомых со словами: «Я с ним незнаком, мне неловко, так вы… Вы это передайте ему». Впрочем, помогал Куинджи не только бедствующим коллегам – отказа не знали ни окрестные бродяги, ни начинающие изобретатели, ни обычные проходимцы. Слава о щедрости Архипа Ивановича неслась по всему Петербургу, и очереди из страждущих не было конца. Доходило до того, что жене Куинджи – Вере Леонтьевне – приходилось вести «канцелярию по принятию прошений».
Особой благосклонностью Куинджи пользовались его любимые птицы. Он считал себя «птичьим избранником», рассказывал, что птицы понимают его речь, легко даются ему в руки. Обычно немногословный, Архип Иванович делался чрезвычайно словоохотлив, когда речь заходила о птицах. Он часами просиживал на крыше своего дома, «беседуя» с голубями и воронами. Ежемесячно на прокорм пернатых друзей он закупал 60 французских булок, до 10 кг мяса и 6 кулей овса. Он без устали лечил птицам поломанные крылья и лапки и даже собственноручно сделал какой-то несчастной трахеотомию.
Однажды иллюстратор Павел Щербов опубликовал карикатуру, на которой Куинджи ставит птице клизму. Говорят, не отличавшийся особым чувством юмора Архип Иванович страшно обиделся.
В 1894 году Архип Куинджи вышел из тени в новом амплуа. Вице-президент академии граф Толстой приглашает его возглавить пейзажную мастерскую. Для Куинджи вернуться в академию в звании профессора – возможность сломать все те образовательные стереотипы и штампы, против которых он бунтовал еще в передвижнический период. Педагогические методы Куинджи были не новаторскими, а скорее революционными. Он опекал своих студентов ревностней, чем голубей и галок. Куинджи-профессор был всегда готов прийти на помощь не только как наставник, но и как друг или даже отец. Его ученик Николай Рерих вспоминал: «Как и в старинной мастерской, где учили действительно жизненному искусству, ученики в мастерской Куинджи знали только своего учителя, знали, что ради искусства он отстоит их на всех путях, знали, что учитель – их ближайший друг, и сами хотели быть его друзьями. Канцелярская сторона не существовала для мастерской. Что было нужно, то и делалось…»
Куинджи возил своих питомцев в музеи Вены, Дрездена, Парижа. Карабкался впереди всех по крымским горам. Если в поездке во время обеда кто-то заказывал дорогое блюдо, Куинджи настаивал на том, чтобы такое же подали каждому (счет он, разумеется, оплачивал из своего кармана). Нужно ли говорить, что в мастерской он был таким же утопистом и демократом?
Студенты боготворили Куинджи, академические результаты его мастерской были завидными.
У Архипа Куинджи был весьма непростой характер. Он был отзывчив, добр, щедр и вместе с тем порывист, вспыльчив, категоричен в суждениях. Когда Куинджи преподавал в академии, стена в стену с его мастерской располагался класс Ивана Шишкина. Как-то раз Шишкин пришел к Куинджи с предложением прорубить в стене дверь. «Соединим их, – с воодушевлением говорил Шишкин, – ты будешь учить их колориту, а я рисунку!» Для Куинджи это предложение символизировало все те стереотипы, которые он пытался изжить в академии, – он не разделял живопись на рисунок и колористику. Дипломатом Куинджи не был и долго объяснять не любил. Он просто буркнул: «Никогда». Шишкин после этого почти не разговаривал с Куинджи и вскоре покинул академию.
А в 1897 году посеянные Куинджи ростки свободомыслия привели к закономерному результату: студенческой забастовке и отставке профессора.
Куинджи остался в Совете Академии. Еще несколько лет он пытался вводить реформы, занимался благотворительностью, учредил Общество художников, которое надеялся превратить в «новую Академию». Но инцидент 1897 года надломил этого железного человека – он все чаще предпочитал компаниям общество птиц, жаловался на боли в сердце. Летом 1910 года Архип Куинджи умер в Петербурге.
По рассказам близких, перед смертью он с несвойственным ему пессимизмом говорил о религии, политических доктринах, «моральном прогрессе человечества». Куинджи казалось, что ему не удалось изменить к лучшему ни искусство, ни Академию, ни тем более мир.