В 1941 г., командуя подводной лодкой «М-96», совершил два боевых похода в Финском и Рижском заливах, во время которых действовал мужественно и решительно, выполняя задания командования по борьбе с немецко-фашистскими захватчиками на море.
В 1942 г…. в Финском заливе утопил транспорт противника водоизмещением 7 тыс. тонн, за что был награжден орденом Ленина. В этом же году… выполнял задание по высадке разведчиков в глубоком тылу противника.
В 1944 г., командуя ПЛ «С-13»… преследовал и утопил артиллерией в непосредственной близости от базы флота противника один транспорт водоизмещением 5 тыс. тонн, за что был награжден орденом Красного Знамени.
…30 января 1945 г., находясь на подступах к Данцигской бухте, командир «С-13» обнаружил, преследовал и тремя торпедами потопил шедший из Данцига немецкий лайнер «Вильгельм Густлоф» водоизмещением 25 481 тонна… В момент потопления на борту лайнера находилось свыше 8 тысяч человек, среди которых 3700 человек обученных специалистов-подводников, которые следовали к месту назначения для использования в предстоящих операциях немецкого подводного флота. (Сведения о потоплении лайнера «Вильгельм Густлоф» подтверждаются шведскими газетами и радиостанциями.) Спасти удалось только 988 человек. Потоплением лайнера нанесен непоправимый удар по подводному флоту фашистской Германии, так как при потоплении погибло такое количество подводников, которого было бы достаточно для комплектования 70 подводных лодок среднего тоннажа. Этим ударом «С-13» под командованием капитана 3 ранга Маринеско сорвала планы фашистских захватчиков на море.
Продолжая действовать на морских коммуникациях противника, командир ПЛ «С-13» 9 февраля 1945 г. ночью обнаружил немецкий крейсер типа «Эмден», идущий в охранении трех эсминцев. Несмотря на сильное охранение, капитан 3 ранга Маринеско, умело маневрируя, в течение 4,5 часа настойчиво преследовал противника и добился победы. Обе выпущенные торпеды попали в крейсер.
За время Великой Отечественной войны, плавая в должности командира подводной лодки, капитан 3 ранга Маринеско утопил 1 крейсер, 1 лайнер водоизмещением 25 481 тонну и два транспорта общим водоизмещением 12 тысяч тонн…