3 октября 1918 г. на вечернем заседании 3-го чрезвычайного Войскового Круга Оренбургского казачьего войска был поднят вопрос о деятельности Богданова. Председатель военной комиссии Круга полковник Л.Н. Доможиров сделал доклад о поведении есаула, причём было принято решение передать дело в Войсковое правительство и направить «по подсудимости
(так в документе. — А.Г.) в спешном порядке»[981]. Богданов обвинялся в том, что: «1) он не исполнил приказания командующего фронтом генерала Красноярцева[982], 2) также не исполнил приказания Войскового Атамана генерала Дутова, 3) выступил в газете «Рабочее Утро» со статьёй, оскорбляющей офицеров и Войсковое Правительство, 4) самовольно наименовал командуемый (так в документе. — А.Г.) им полк «4-м левобережным полком Архипа Богданова[983]» и 5) представил самого себя к производству в чин полковника за подвиги, которые произведённым подробным дознанием не подтвердились»[984]. Богданов пытался оправдываться и доказывать свою невиновность по всем пунктам обвинения за исключением третьего. Свою статью он оскорбительной не считал, поскольку «не думал этим письмом нанести кому-либо оскорбление и что письму его придадут не такое толкование, которое он имел в виду»[985]. Дело было передано в следственную комиссию Войскового Круга. Тем не менее полк Богданова тогда не только не утратил его самопровозглашённое шефство, но, более того, название полка Войсковой Круг утвердил по докладу самого Дутова[986].Следующий, 3-й очередной Войсковой Круг, проходивший в 1919 г. в Троицке, также не обделил Богданова своим вниманием. Войсковой старшина (произведён в конце 1918 г.) Богданов, командовавший 23-м Оренбургским казачьим полком (ранее — 4-й Левобережный полк), прислал в адрес Круга телеграмму с просьбой разрешить делегировать на Круг по 2 представителя от полков. Атаман Дутов 10 февраля заявил в ответ на это, что «из его армии никто подобной телеграммы не пришлёт, а войсковой старшина Богданов из его армии исключён»
[987]. Телеграмма не вызвала одобрения и у депутатов. 17 февраля постановлением Войскового Круга 23-й Оренбургский казачий полк был лишён шефства Богданова за преступную деятельность командира полка[988]. Основанием послужил письменный доклад Дутова от 10 февраля.21 февраля Богданов был снят с должности командира полка и откомандирован в распоряжение Войскового штаба[989]
. В июне 1919 г., лишённый шефства и полка, он написал заявление с просьбой о восстановлении и того и другого, но Круг просьбу о шефстве отклонил, а просьбу о назначении командиром полка передал в Войсковой штаб[990]. Вскоре Богданов получил назначение командиром 2-й Отдельной Оренбургской казачьей бригады и был произведён в полковники. 8 сентября 1919 г. вместе с бригадой в полном составе (более 1500 сабель, в том числе 80 офицеров) и со всем вооружением он перешёл на сторону красных. В ночь на 22 сентября Богданов и другие перешедшие к красным казачьи офицеры были представлены председателю ВЦИКа М.И. Калинину, прибывшему на фронт, причём «Богданов и другие военнопленные горячо благодарили за приём, оказанный Советской властью, каялись в своих ошибках, клялись честно служить народу, защищать Советскую власть»[991].Тогда же Богданов подписал обращение к оренбургским казакам: