Во второй половине ноября 1918 — марте 1919 г. он ездил в командировку в Омск, на совещание казачьих представителей при помощнике военного министра по казачьим делам и далее — на Дальний Восток. С этой поездкой и были связаны основные события его конфликта с Дутовым. Созыв совещания официально мотивировался следующим: «Верховн[ый] Главноком[андующий], принимая во внимание заслуги казачества в борьбе за возрождение России, дабы в дни устроения её не нарушить вековых традиций и особенности быта казачьих войск, с целью урегулирования ряда экономических, хозяйственных, военно-административных и бытовых вопросов, разрешённых и проведённых в жизнь в период всеобщей разрухи войсковыми самоуправлениями крайне разнообразно, а также для выработки общих для всех казачьих войск положений, приказал установить при моём
(военного министра. — А.Г.) помощнике по казачьим войскам[1394] совещание из представителей войсковых общественных самоуправлений всех казачьих войск, командируемых Войсковыми Кругами или правительствами по одному от каждого войска… Вице-Адмирал Колчак… 4 ноября 1918 г.»[1395]. Выбор пал на Рудакова в связи с желанием войсковой администрации достичь нескольких целей одновременно: и командировать своего надёжного представителя на совещание, и добиться увеличения снабжения. Именно Рудаков подходил для решения обеих задач — он был одним из высших войсковых чиновников и одновременно специалистом по снабжению.В Омске Рудаков рассказал о нужде войска в тёплой одежде, вооружении, боеприпасах, подготовленных резервах и моральной поддержке (присылке хотя бы небольшой части другого казачьего войска)[1396]
. Рудаков встретился с Верховным Правителем и Верховным главнокомандующим адмиралом А.В. Колчаком, начальником штаба Верховного главнокомандующего Генерального штаба полковником Д.А. Лебедевым и со всеми министрами. Военный министр выделил войску 2 миллиона патронов, перевозившихся из Владивостока, министр финансов сообщил о выделении Оренбургу 5 миллионов руб., ещё 5 миллионов сдано в полевое казначейство Юго-Западной армии, и такая же сумма была обещана в ближайшее время. Рудакову было сообщено, что из Америки ожидалось поступление 600 миллионов руб., из которых 100 миллионов должны были быть направлены Дутову[1397]. Совещание казачьих представителей состоялось 29 ноября[1398].Одёргивания Рудакова со стороны Дутова начались уже в декабре 1918 г. 11 декабря 1918 г. Дутовым в Омск полковнику Н.С. Анисимову для передачи Рудакову была направлена телеграмма: «Войсковое Правительство, командируя Вас, не дало Вам право рекомендовать [от] имени Правительства кого-либо [на] административные должности и особенно [на] должность Губернского комиссара»
[1399]. Почти три недели спустя, 31 декабря 1918 г., Дутов «ввиду перегруженности работой и невозможности без ущерба дела вести столь сложную отрасль Государственного Хозяйства, как продовольствие» назначил Рудакова вместо себя главноуполномоченным Всероссийского правительства по продовольствию Оренбургской губернии, Оренбургского казачьего войска, Тургайской области и Башкурдистана[1400]. Однако в дальнейшем их отношения резко ухудшились.