Еще до возвращения Рудакова из командировки 13 февраля 1919 г. Дутов на заседании Войскового правительства поднял вопрос о его деятельности. 17 февраля оренбургский атаман выступил перед депутатами 3-го очередного Войскового Круга в Троицке с речью, в которой заявил, что Рудаков «выехал в Читу и вёл с Атаманом Семёновым переговоры, не имея на это никаких полномочий. Потом он отправился во Владивосток также без разрешения. Состоя уполномоченным по продовольствию, Полковник Рудаков не сдал отчётов, а между тем денежные обороты по продовольственным операциям превышают десятки миллионов рублей и имеются данные о разных злоупотреблениях»
[1403]. В Омске Рудаков получил от оренбургского представителя при Ставке полковника Н.С. Анисимова 500.000 руб. и не представил по ним отчёта. Кроме того, Рудаков, как утверждал Дутов, превысил полномочия, действуя у атамана Семёнова от имени самого Дутова, а затем не подчинился приказу последнего вернуться в войско и самовольно уехал во Владивосток, откуда прислал телеграмму о сложении с себя полномочий члена правительства. По решению Дутова Рудаков был выведен из состава Войскового правительства, снят со всех должностей и должен был быть доставлен в Троицк для расследования и предания суду[1404]. Круг после выступления Дутова принял решение просить Верховного Правителя адмирала А.В. Колчака о немедленной высылке Рудакова в войско.8 марта Рудаков уже возвратился и выступил перед депутатами Войскового Круга с отчётным докладом о поездке. Ему удалось по низким ценам закупить для казаков мануфактуру и предметы первой необходимости и в десятых числах февраля с большими трудностями отправить их двумя поездами из Харбина в войско. Доход войска должен был составить около 6,5 миллионов руб. Ещё в Омске Рудакову удалось получить на нужды войска 21 миллион руб. и добиться отправки в войско свыше 2 миллионов винтовочных патронов.
Рудаков опроверг обвинения Дутова и заявил: «Господа депутаты!.. На то, что я командирован был только на совещание казачьих представителей, докладываю, что, кроме этого, я выполнял ещё очень много поручений… был… избран для доклада Центральному Правительству о тяжёлом положении Оренбургского Края в финансовом и вообще экономическом отношениях и командирован, несмотря на то что я от этого отказывался, ссылаясь на предпринятые мною большие операции по продовольственному делу… я хлопотал о деньгах на восстановление станиц… согласно распоряжения Командующего Юго-Западной армии Генерала Дутова… испрашивал у Штаба Верховного Главнокомандующего и у Главных Управлений Военного Министерства отпуск вооружения, снаряжения и обмундирования для нашей армии… согласно его же распоряжения… выхлопатывал 20 миллионов рублей для нашей армии… согласно распоряжения Войскового Правительства… я был уполномочен получить 10 миллионов рублей на восстановление погорелых станиц и 1.400.000 руб. на покрытие расхода страхового капитала. И ещё было очень много поручений…»
[1405]