В связи со значительным усилением эпидемии тифа и натиском красных закрепиться на Ишиме не удалось. Дутов приказал оставить у реки разведывательные части, а основным силам продолжать движение к Атбасару форсированным маршем с целью закончить сосредоточение к 8 ноября и приступить к переформированию и укомплектованию корпуса. Было решено отходить на Омск. По причине отступления войска потеряли соприкосновение с противником. 6 ноября было получено известие о переименовании Оренбургской армии приказом Верховного главнокомандующего в Отдельную Оренбургскую.
В этот же день отход армии был приостановлен. Части IV корпуса заняли оборону в районе городов Атбасар — Кокчетав. Вплоть до получения 19 ноября известия о сдаче Омска, оставленного белыми 14 ноября, армия стояла на месте, на фронте всё ещё наиболее боеспособного корпуса Бакича было спокойно. Лишь после получения вести о падении столицы белой Сибири отступление было продолжено, к тому же вновь активизировались красные. Как писал Генерального штаба полковник А.Ю. Лейбург, из всей армии
5 ноября Дутов пишет командующему Московской группой армий, что
Между тем организация снабжения армии находилась в катастрофическом состоянии. Представители армии в Омске прилагали все усилия, чтобы обеспечить войска всем необходимым, но при хаотическом состоянии снабжения, характерном для белого тыла того периода, необходимо было не только раздобыть необходимое для армии, что само по себе было непросто, но и суметь отстоять заготовленное от посягательств со стороны. Так, для армии Дутова из Степной группы была получена колонна грузовиков, но её тут же забрали на разгрузку эвакуировавшегося Омска. Представитель Дутова в Омске поручик Зубков всерьёз опасался, что транспорты с обмундированием и тёплым бельём, приготовленные для оренбуржцев, перехватят представители Омской группы Генштаба генерал-майора С.Н. Войцеховского[2113].
В день сдачи Омска главнокомандующий армиями Восточного фронта Генерального штаба генерал-лейтенант К.В. Сахаров[2114] писал родственнику и однокашнику Дутову со станции Татарская: