Во второй половине декабря 1919 года отряд Рогова пытался утвердить свою власть в поселке Кольчугино и на кольчугинских рудниках. 26 декабря партизаны отогнали белогвардейцев к Мариинску, чем закончилась война Рогова-Новоселова против колчаковцев. Когда бои партизан против белых еще продолжались, 23 декабря 1919 года командование Красной армии тайно приказало своим частям «ликвидировать банду Рогова, сопротивляющихся расстреливать, Рогова и других главарей взять живыми и препроводить под сильным конвоем в Кузнецк».
В то же время, согласно приказу Реввоенсовета 5-й армии, партизаны Рогова–Новоселова должны были подчиниться командованию 35-й дивизии (начдив Нейман). Части Красной армии, а также партизаны из 1-й Томской партизанской дивизии и алтайских партизанских отрядов без единого выстрела разоружили и расформировали отряд Рогова–Новоселова. Однако сами атаманы отказались выполнить приказ о добровольном разоружении и были арестованы красноармейцами. 5 января 1920 года под конвоем их доставили в тюрьму Кузнецка, а оттуда — в тюрьму Новониколаевска (ныне — Новосибирск). Атаманы обвинялись в разбое, грабежах и в неподчинении приказам.
В начале того же 1920 года по приказу командира 27-й советской дивизии за неподчинение командованию Красной армии был арестован атаман Лубков. Вскоре он решением ревтрибунала 45-й армии был осужден на пять лет лишения свободы с отсрочкой приговора. Партизаны Лубкова были разоружены и распущены по домам. А вот анархисту Милославскому, командиру Усть-Мосихинского повстанческого отряда, повезло меньше: он был арестован властями и «при попытке к бегству» застрелен.
Во время переезда в тюрьму Новониколаевска Новоселов сумел сагитировать двоих конвоиров, бывших партизан, и скрылся с ними в Барнаульский уезд. По другим данным, атаман бежал уже из Новониколаевской ЧК или был освобожден властями.
Рогов просидел в новониколаевской тюрьме два месяца. В переполненной, холодной и грязной тюрьме Рогов постоянно подвергался избиениям и голодал. В камере, куда поместили атамана, находились и тифозные больные, и вскоре он заболел. Власти надеялись на то, что Рогов сам умрет от тифа, и поэтому было принято решение выпустить атамана. Этому способствовало и множество просьб об освобождении атамана, присланных «во власть» сельскими сходами и советами партизан.
После освобождения Рогов еще месяц болел у себя дома, в деревне Жуланиха Причернского края. Вскоре атаману были принесены извинения за неоправданный арест, власти предложили ему ответственную работу в Барнаульской губЧК, из партийной кассы ему были выплачены 10 тысяч рублей «на поправку».
К этому времени в Сибири сформировалась «критическая масса» недовольных новым режимом большевиков. Большие сибирские села в несколько тысяч жителей, как правило, были сильно удалены от городов, и степень их экономической и социальной самостоятельности, навыки самоорганизации были выше, чем в Центральной России. Сибиряки были вооружены, имели опыт партизанства, знали тайгу и ценили свою свободу. Они не нуждались во власти центрального правительства, не видели от него помощи, а испытывали только поборы и страдали от карательных отрядов. Жители Сибири мечтали о децентрализации управления, о всевластии советов на местах, о кооперативно-артельном самоуправлении. Им казалось, что должна пройти еще одна — «третья революция», чтобы установились свобода и равенство на их земле. Анархисты Сибири использовали выборы в советы весной 1920 года для критики советской власти. В Жуланихе, на съезде бывших партизан, они, среди прочего, провели сбор средств на «поправку» Рогова.
В начале 1920 года в Партизанской армии Сибири сложилась напряженная обстановка. Первым выступлением повстанцев против диктатуры пролетариата стала козыревщина. Реввоенсовет 5-й армии в январе отстранил от командования повстанческого атамана Козыря — командира 4-го крестьянского корпуса. Тот с частью верных ему повстанцев перебрался в Усть-Каменогорск, где призвал повстанцев и крестьян создавать «советскую власть без коммунистов», бороться за «истинно Рабоче-Крестьянскую Социалистическую Советскую власть». Атаман был против замены выборных крестьянских советов «назначенцами» — «темными людьми». Он агитировал не подчиняться коммунистическим ревкомам, заявив, что «нам, крестьянам, не нужно никакой власти, нам нужно народное право».
В сибирских селах в это время установилась самостоятельная «крестьянская власть». Район деревни Солоновки, где создавалась Красная партизанская армия Мамонтова, и район Камня, где находились бывшие партизаны 2-го корпуса армии Мамонтова, превращались в самостоятельные «республики». На их территориях разгонялись коммунистические ячейки. Как и в Украине в 1919-м, сибирские деревни стали похожи на военные лагеря, они окопались и выставили военные заслоны. Острый конфликт с Козырем большевикам удалось замять, и он не перерос в вооруженное столкновение. Однако напряжение между «красным городом» и независимой сибирской деревней с каждым новым днем военного коммунизма только возрастало.