Примерно с июня 1920 года командование отрядом Рогова-Новоселова перешло в руки Новоселова, который более чем Рогов был ориентирован на анархистские лозунги. Еще в конце февраля 1920-го он объявился в деревнях Причернского края. В марте Новоселов предупреждал большевиков — «будем резать ревкомы». Своих новых врагов он определял расплывчатым термином «гады», считая, что они «несут новый гнет». Атаман зачислял в число «гадов» всех богатых и влиятельных людей — «недострелянных» офицеров и буржуев, интеллигентов-специалистов, коммунистов-бюрократов. «У вас в Барнауле много гадов, которые сидят на тепленьком местечке и кушают жареные котлеты, почему вы не делаете чистку этим гадам... Мы кровь проливали... чтобы уничтожить этих гадов, а власть их огораживает штыками», — вещал Новоселов. На крестьянских сходах он призывал: «Не признавать никакой власти... вырезать бывших офицеров и инженеров, замаскировавшихся и примазавшихся к РКП(б)». Это была программа кровавой социальной чистки, которую воплотит в жизнь Сталин в 1920–1930-х годах.
В июле 1920 года отряд Новоселова действовал в Бийском уезде. Повстанцы громили масло- и кожзаводы, разгоняли ревкомы и комячейки. Атаман использовал против красных тактику непрерывных рейдов и отходов отряда в тайгу. У деревни Сычевка его отряд столкнулся с двумя взводами красноармейцев и 6-м коммунистическим отрядом бывших партизан. В бою повстанцы потерпели поражение, в начале августа отряд Новоселова был разбит красным эскадроном. Атаман с двадцатью повстанцами скрылся в тайге, а вскоре появился в Алтайской степи в повстанческой армии Плотникова.
В конце июня 1920 года под лозунгом «Советы без коммунистов!» началось восстание крестьянства Степного Алтая. Атаманом этой «армии» стал бывший комиссар 1-го Алтайского полка Партизанской армии Мамонтова эсер Федор Плотников. Он был коренным сибиряком, выходцем из бедняцкой семьи села Высокое Барнаульского уезда. Федор прошел путь от рядового повстанца до командира отряда, который в 1919 году боролся против Колчака. В январе следующего года Плотников был назначен комиссаром 1-го запасного полка в Барнауле, где проходили переподготовку призванные в Красную армию партизаны.
После митинга, на котором Плотников призвал партизан не позволять «расейским комиссарам» командовать сибиряками и выступить «за советскую власть без коммунистов», он был арестован. «Алтайцам вся власть на Алтае!» — требовали восставшие. Федор сумел бежать из тюрьмы и снова поднял знамя восстания. К июлю 1920 года отряд Плотникова разросся до 600 человек, хотя он и действовал мелкими конными группами, нападая на комячейки, сельские и волостные исполкомы, ссыпные пункты, кооперативы. Восставшие сформировали Народную повстанческую армию из 12 полков.
Вскоре отряд Плотникова был разбит, но атаман перебрался в район реки Иртыш (до озера Кулундинского и Алтайской железной дороги), где в начале июня 1920 года поднял новое восстание. Первоначально восстанием руководил крестьянин Березовский, затем — прибывший от Анненкова казачий есаул Шишкин. Шишкин провел мобилизацию крестьян, после чего численность отряда достигла семи тысяч человек, объединенных в восемь полков. К одному из этих полков и примкнул Плотников.
В июле 1920 года восстали крестьяне Ново-Николаевского и Томского уездов, которые захватили городок Колывань (отчего восстание и было названо Колыванским). Из восставших была создана «Крестьянско-казачья армия», численность которой колебалась от двух до пяти тысяч человек, объединенных в 12 полков и 19 конных эскадронов. Атаманом восстания был избран житель Колывани Зайцев.
Тогда же в Усть-Каменогорском, Зайсанском и Змеиногорском уездах началось новое восстание — Бухтарминское. Это восстание объединило казаков, сибирских старожилов-челдонов и бывших партизан. Повстанцы создали свою «Народную армию» численностью до трех тысяч человек, под руководством атамана Александра Бычкова. Центром восстания являлась станица Больше-Нарымская, где находился штаб и повстанческий комитет.
10 июля 1920 года началось наступление Красной армии с трех сторон по сходящимся направлениям: от Семипалатинска, Рубцовска и Славгорода. Во второй половине июля «Народная армия» начала разваливаться, мобилизованные крестьяне разбегались по домам или сдавались в плен. Шишкин бежал через Горный Алтай в Монголию. Плотников с 290 повстанцами ушел в Алейскую степь. 20 октября истребительный отряд красных арестовал в таежной охотничьей избушке нескольких мужчин. В одном из них был опознан Федор Плотников. Пытаясь спастись, он бросился в ледяную воду озера, но был выловлен карателями и обезглавлен. Голову убитого атамана чекисты провезли по селам для устрашения населения.