В январе 1919 года полк Богунского в составе Красной армии вел наступление против петлюровцев и захватил Полтавщину. В феврале он уже назывался Приднепровской бригадой имени Богунского. Бригада остановилась на отдых в районе Золотоноши и там впервые столкнулась с диктатурой большевиков, с террором ЧК и грабежами продовольственных отрядов. Богунский, до марта 1919-го считавший себя чуть ли не большевиком, подписал воззвание «К крестьянам и рабочим Украины» от имени подпольного Всеукраинского революционного комитета.
В воззвании были строки, ставшие программой для многих атаманов тех лет: «Эти господа назвали себя «коммунистами» и начали грабить бедное население Украины и вывозить все со спекулятивными целями в Россию. Таким образом, мы оказались под пятой разных присланных к нам комиссаров, которые ведут себя у нас еще хуже, чем царские приставы... Мы добиваемся следующего: Украина должна быть национально, культурно и экономически независимой. Что же касается федерации, то она должна быть добровольною, то есть без всякого принуждения и гнета со стороны других наций... Вся власть на местах принадлежит рабоче-крестьянским советам, а в центре — Совету советов без всякой партийной диктатуры... Власть на Украине должна состоять из местных людей, то есть украинцев (всех живущих на Украине), нам не нужны оккупанты и спекулянты на коммунизме... Советская Россия нам должна помогать, но по нашему согласию и без вмешательства в наши собственные дела... Коммуны силою никто не должен насаждать... Никто не имеет права издеваться над верой народа...»
Богунский, Зеленый и Грудницкий, начальник штаба бригады Ведула, комполка Лопаткин решились на ультиматум власти. Более того, Богунский тайно принял пост главнокомандующего войсками — главного атамана в мятежном правительстве Первого Всеукраинского ревкома. Он допускал «националистические выпады», не подчинялся распоряжениям местных и центральных органов власти. Бойцы его бригады проводили антибольшевистскую пропаганду, срывали с красноармейцев звезды, называя их «жидовскими», избивали и даже убивали отдельных коммунистов.
В середине апреля 1919 года Богунский покаялся в своих ошибках, но отказался выступать против войск атамана Зеленого. Командование, боясь открытого перехода частей Богунского на сторону Зеленого или Григорьева, временно закрывало глаза на независимость бригады и на положение дел в Золотоноше, в которой красноармейцы этой бригады учинили еврейский погром. В июне–июле 1919-го бригада Богунского искупала «вину перед революцией» на фронте против белогвардейцев. Только в начале июля в секретной инструкции Троцкого командованию 14-й армии зазвучал приговор: «Необходима чистка командного состава в украинских частях, где еще много петлюровских, партизанских, атаманских элементов, таких как Богунский, Лопаткин и другие».
21 июля 1919 года в Полтаву прибыл председатель Реввоенсовета Троцкий. Он вызвал в свой поезд Богунского, где атамана арестовали и вскоре расстреляли «за семафором», без суда и следствия. Узнав об аресте своего атамана, восстали части бригады Богунского, с фронта ушел 1-й Золотоношский полк (600 штыков, 2 пушки, 5 пулеметов) под командованием Лопаткина. Этот полк двинулся на Полтаву, громя тюрьмы и чекистские застенки... Получив известие о смерти комбрига, полк Лопаткина захватил Переяслав, а потом повернул на Канев, с целью соединиться с Зеленым. Но у днепровской переправы он попал в засаду красных и был уничтожен. Чтобы не оказаться в руках чекистов, комполка Лопаткин застрелился.
Но вернемся к апрельским событиям 1919 года вокруг восстания атамана Зеленого.
К Киеву прорывались войска Петлюры, оказавшиеся в 45 километрах от столицы. В городе было объявлено военное положение, началась паника и очередная эвакуация советских учреждений. Грудницкий тогда телеграфировал Петлюре: «Выскажитесь за Советскую власть, и я пойду с вами», но Петлюра не принимал в расчет трипольских заговорщиков.
Трипольский ревком обратился к атаману Григорьеву с призывом поддержать восстание Зеленого. Вскоре от него пришел лаконичный ответ: «Работайте. Я возьму Одессу, а потом пойду с вами!» Амбициозность Григорьева толкала его на самостоятельные действия, игнорировавшие интересы его единомышленников. На повторное предложение ревкома повстанцев Григорьев ответил: «У меня 23 тысячи штыков, 52 пушки, 12 бронепоездов, миллион патронов. За мной Херсон, Николаев, Одесса. Скажите, что вы имеете, что стоит за вами? Ничего. А раз ничего, то я разрешаю вам прийти ко мне и получить от меня ту работу, которую я вам дам...»