Резидентуру внешней разведки ОГПУ в Праге с 1931 г. возглавлял способный разведчик Станислав Глинский (служил в ВЧК с 1918 г., принимал участие в знаменитой оперативной игре «Трест» с белой эмиграцией, служил резидентом в Латвии). С. Глинский повел в Праге активную работу по проникновению в белогвардейские организации генерала Кутепова, добыл сведения о белоэмигрантских организациях – РОВС, «Галлиполийцы», «Крестьянская Россия». Усилиями резидентуры была добыта информация о том, что военные центры белой эмиграции не отказались от попыток новой военной интервенции. В частности, руководство РОВС рекомендовало своим членам в Праге, Варшаве, Софии, Париже, Берлине, Белграде и других европейских столицах готовить «тройки» и «пятерки» для проведения терактов против советских дипломатов и заброски диверсионных групп на территорию СССР.
Информация Глинского (за активную работу в Праге был награжден вторым орденом Красного Знамени) неизменно получала высокую оценку в Центре: среди чрезвычайно важных упреждающих сведений можно назвать сообщения о планах Германии по захвату Судетской области, о расширении пронацистской пропаганды в Чехословакии. Сотрудникам его резидентуры удалось также проникнуть в Организацию украинских националистов (ОУН) и постоянно быть в курсе их террористических планов. Нетрудно предположить, что определенную роль здесь сыграл С. Карин.
9 декабря 1937 г. Станислава Глинского расстреляли по постановлению особой «тройки» (как «польского шпиона»), супругу Анну сослали на 10 лет в Карагандинские лагеря. В 1947 г. она возвратилась к родственникам в Москву, но была вновь сослана в Воркуту. По дороге скончалась и похоронена в безымянной могиле в воркутинской тундре. Всего же за период «Большого террора» 1937–1938 гг. расстреляли около 40 резидентов внешней разведки НКВД, не говоря уже о репрессировании значительного количества опытных оперативников-агентуристов, ценных агентов. Пражского шефа С. Карина 22 сентября 1956 г. посмертно реабилитировала Военная коллегия Верховного Суда СССР.
В этот период чекист принял личное участие в оперативной разработке «Академия», направленной против Российского общевоинского союза (РОВС). Созданный в 1924 г. в эмиграции главнокомандующим Русской армией генерал-лейтенантом П. Врангелем РОВС, на момент образования насчитывал до 100 тыс. военнослужащих с опытом Первой мировой и Гражданской войн, пылавших желанием взять реванш у Советов за поражение в 1917–1920 гг. Основным средством борьбы РОВС избрал террористическую и разведывательно-диверсионную деятельность (во взаимодействии со спецслужбами Англии, Франции, государств – западных соседей СССР), сопровождавшуюся покушениями на советских представителей за рубежом, заброской в СССР вооруженных групп и подготовкой терактов против руководителей ВКП(б) и Советского государства. С 1927 по середину 1930-х гг. на территории СССР было убито в перестрелках или захвачено около 100 эмиссаров РОВС и других белоэмигрантских организаций. Одним из очагов деятельности РОВС как раз и стала Чехословакия (ЧСР). В 1931 г. советская разведка получила информацию о планировании находяшейся в ЧСР террористической группой РОВС генерала Хоржевского покушений на И. Сталина. Вероятно, именно этот сигнал и стал отправным для разворота дела «Академия».
К сожалению, нам не известны подробности этой операции. Однако в личном деле С. Карина-Даниленко констатируется, что результатом оперативных мероприятий стало задержание двух «крупных террористов РОВС», заброшенных в СССР для организации террористического акта против «вождей партии и советского правительства». Попутно отметим, что при всей вакханалии незаконных репрессий и фабрикации дел «о терроризме» было бы неверно сбрасывать со счетов
Видимо, С. Карин эффективно потрудился на ниве разведки – в 1932 г. его удостоили высшей ведомственной награды, знака Почетного чекиста, которым тогда не разбрасывались. В 1933–1934 гг. Карин-Даниленко занимал должность начальника 3-го отделения Особого отдела Украинского военного округа и ГПУ. О результативности его как разведчика свидетельствует и то, что со 2 мая 1934 г. по 9 января 1937 г. он получил назначение на должность помощника начальника Иностранного отдела НКВД УССР. Кроме того, в марте 1936 г. разведчику довелось выезжать в оперативную командировку в Берлин.