Однако в конце XV века до н. э. на Крит обрушилась катастрофа, с которой его жители уже не могли справиться. Причиной бедствия стало грандиозное извержение вулкана на острове Санторин, лежащем в 100 км отсюда. Образовалась гигантская волна — цунами, которая захлестнула побережье Крита. Большинство поселений и дворцов города, лежащего в 4 км от моря, погибло. В 1450 году до н. э. пожар окончательно уничтожил Кносский дворец. Причем в это же время пожары уничтожили и другие похожие дворцы на Крите (Фест, Закрос и др.). Причина этих пожаров до настоящего времени не ясна. Считается, что, воспользовавшись тяжелым положением критян, на остров вторглись микенские греки, которые и довершили разгром. С тех пор территория дворца больше не заселялась, но Кносс продолжал оставаться значительным городом-государством вплоть до ранневизантийского периода. Затем остров постоянно переходил из рук в руки.
В начале I тысячелетия до н. э. на Крите появились дорийцы, образовав несколько десятков полисов. Во главе каждого стоял совет (була), состоявший из 30 членов и 10 космов во главе с протокосмом. Население состояло из полноправных граждан периеков, государственных крепостных — мноитов (мнотов), частных крепостных — кларотов или амафиотов, а также покупных рабов — хрисонетов.
В 67 году до н. э. Крит был завоеван римлянами, и вскоре была создана провинция Крит и Киренаика. В результате разделения Римской Империи на Восточную и Западную остров постепенно переходит под юрисдикцию Византии. С 824 по 961 год остров был захвачен мусульманами и существовал как Критский эмират. В 1205 году захвачен католиками и существовал как Королевство Крит. C 1210 года в течение нескольких столетий был под контролем Венеции. В 1669 году вновь захвачен мусульманами и существовал как Вилайет Крит. После Критского восстания 1896–1897 годов, в 1898 году, было создано Критское государство. В 1913 году Критское государство воссоединилось с Грецией.
О наличии развалин в Кноссе было известно уже Шлиману (из писем местного купца Калокериноса). Шлиман планировал раскопки в Кноссе, но из-за натянутых отношений с турецкими властями этим намерениям не было суждено осуществиться. Систематические раскопки территории начаты в 1900 году английским археологом Артуром Эвансом, который скупил земли, на которых стоял дворец, и… повторил ошибку Шлимана. Поскольку англичан интересовал период до 1450 года до н. э., все более поздние слои были уничтожены. Параллельно с раскопками велось воссоздание руин в «первоначальном виде» (как его представлял себе сам Эванс). В связи с этим в настоящее время рядовому туристу не всегда просто отделить останки древних построек от того, что было достроено Эвансом.
В целом история Кносса как будто известна. Но так ли уж все ясно с этим забытым городом?
Традиционно считается, что в кносском дворце жили правители Крита. Легенды сохранили для нас имя одного из царей — Миноса. Удивляет, правда, что дворец никогда не был укреплен. Но ведь правители Крита имели мощный флот, оберегавший подступы к острову, — этим можно объяснить отсутствие крепостных стен вокруг Кносса и других городов. Такую идиллическую картину жизни критян в бронзовом веке нарисовал Артур Эванс. Там, на Крите, он открыл не только неизвестную цивилизацию, но и подлинный «золотой век» — время, когда люди не знали войн, жили в мире и любви, созерцая красоты природы и предаваясь занятиям искусством.
Но идиллия стала меркнуть еще при жизни Эванса. На Крите обнаружили остатки оборонительных сооружений, но большинство археологов предпочитали не замечать эти факты вместо того, чтобы переосмысливать концепцию.
Археологи отыскали дворцы и постройки дворцового типа сразу в нескольких городах Крита: в Кноссе, Фесте, Маллии. В традиционной историографии считалось, что дворцы были центрами отдельных государств, существовавших на Крите в период между 1950 и 1700 годами до новой эры. Около 1700 года начинается возвышение Кносса. Постепенно другие города-государства Крита, прежде всего Фест и Маллия, утрачивают независимость.