Среди тех, кто выступал на совещании, был и военный министр Генри Стимсон. Удивительно, но даже занимая такую должность, Стимсон обладал сильным чувством нравственности, верил в человечность и международное право. Он испытывал страх от того, что долгая и кровопролитная война изменила моральные ориентиры лидеров западных демократий. Когда союзническая авиация засыпала зажигательными бомбами Гамбург, Дрезден и Токио, Стимсон увидел в этом проявление тотальной бойни, которую решительно не принимал. Стимсон настаивал: атомную бомбу нужно использовать так, чтобы свести к минимуму жертвы среди мирного населения. Он прямо заявил Трумэну:
Аргументы Генри Стимсона приняли к сведению. И даже пошли на уступку: Лесли Гровс исключил из списка целей Киото – крупнейший культурный центр.
Тем временем Кеннет Бейнбридж во главе группы из 250 специалистов готовился к атомному испытанию в пустыне Аламогордо. Для этого его люди возвели макет небольшого города. В эпицентре будущего взрыва высилась 110-метровая башня, на верхушке которой и следовало взорвать бомбу. Командный центр с железобетонными стенами расположился в 9 километрах южнее эпицентра. Построили также несколько наблюдательных бункеров, полевую лабораторию и базовый лагерь. Подготовили инструментарий для измерения характеристик взрыва, его сейсмического эффекта, интенсивности потока нейтронов и гамма-лучей, уровня радиации и тому подобного.
Роберт Оппенгеймер поручил своему младшему брату Франку обеспечить Бейнбриджу административную поддержку, а также помочь исправить возможные ошибки на этапе подготовки испытания. В то время Франк Оппенгеймер работал вместе с Эрнестом Лоуренсом в радиационной лаборатории. Теперь ему пришлось отправиться в Нью-Мексико. Он прибыл на испытательный полигон «Троица» в конце мая и поразился тому, какая активная работа кипит в пустыне.
Плутоний для испытательной бомбы доставили в Лос-Аламос также в конце мая. Группа Отто Фриша подтвердила эффективность твердого ядра 24 июня. Ядро, чья масса была немного ниже критической, следовало сжать методом имплозии до массы, в два раза превышавшей критическую. Потребовалось всего 5 килограммов ядерного топлива – по размеру такой кусок плутония был не больше апельсина. На ощупь он был теплым.
Сначала испытание назначили на 4 июля, но в конце июня комитет «Ковбой», проанализировав текущий уровень готовности, пришел к выводу, что дату надо сдвинуть. Гарри Трумэн, надеявшийся прибыть на Потсдамскую конференцию глав государств-союзников с «атомным козырем в рукаве», договорился о переносе конференции на 15 июля. Таким образом, самой поздней датой для проведения первого атомного взрыва назначили 16 июля.