В конце, декабря 1918 года Маруся внезапно появляется в ставке В. Антонова-Овсеенко, которому вновь предстоит командовать "походом красных войск на Украину". Очевидно, зная, каким будет приговор Ревтрибунала по делу Никифоровой, и, пренебрегая этим приговором, Антонов-Овсеенко назначает Марусю командиром Вольной боевой дружины (200 бойцов), которая вошла в состав войск Украинского фронта.
С января 1919-го она воюет уже против петлюровцев в Харьковской и Екатеринославской губерниях. Отряд Маруси первым врывается в Екатеринослав, занятый войсками УНР. Но и под командованием Антонова-Овсеенко она находилась только полтора месяца. Рассорившись с "властниками-властолюбцами" большевиками, импульсивная Маруся покидает группу войск Харьковского направления.
В марте 1919 года Никифорова со своим отрядом вступает в повстанческую анархистскую бригаду батьки Махно. В то время махновцы формально входили в состав Заднепровской советской дивизии Украинского фронта, хотя и сохраняли права полной автономии (выборность командиров, анархистская идеология и борьба под черным знаменем анархии). А самое главное – на территории махновцев приказы большевиков не исполнялись, и создания административно карательных структур (ЧК, ревкомы, продотряды) Махно на своей территории не допускал. "Махновия" стала государством в государстве. Тут проводился эксперимент построения анархистского общества.
Маруся в махновской бригаде тайно командовала конным партизанско-террористическим отрядом, состоявшим в основном из "черногвардейцев". Официально же она занималась всего лишь пропагандой и просвещением бойцов, контролировала медицинскую помощь в бригаде. Никифоровой-пропагандисту была дорога идея истребления офицеров, буржуев, чекистов и продотрядовцев. Эту идею она постоянно осуществляла на практике.
Казалось бы, в бригаде "имени батьки Махно" Маруся сможет обрести желанную для нее анархическую среду. Однако и с батькой Махно она с трудом ладила, постоянно обвиняя его в диктаторстве и лояльности к большевикам. Уже в мае 1919 года Маруся предложила Махно возглавить анархистское восстание в Украине – "Третью анархистскую революцию", которая, начавшись в Украине, должна была охватить весь мир. Когда Махно отказался от предложенной авантюры, она попросила у его штаба крупную сумму на организацию антибольшевистского подполья и террора.
Интересно, что в то время, когда Маруся вынашивала свои "коварные планы", командующий фронтом Антонов-Овсеенко сообщал в Центр X. Раковскому (телеграмма от 2 мая 1919 года): "Махно и Маруся Никифорова ведут агитацию за создание "единого революционного фронта" против контрреволюции… к левым эсерам относятся отрицательно… Маруся Никифорова к военным делам не допускается, находя, что ее место – дела "милосердия".
Лев Каменев, побывав 7 мая 1919 года в Гуляй-Поле у Махно, остался доволен "доблестными повстанцами-героями". Он долго беседовал с Марусей и после этого разговора отослал телеграмму во ВЦИК Советской России: "Предлагаю, за боевые заслуги, сократить наполовину приговор Марусе Никифоровой, осужденной на полгода лишения права занимать ответственные должности".
В начале июня 1919 года Махно и его войско были объявлены большевиками "вне закона". В ответ на арест нескольких махновских командиров Маруся решила провести террористические акты против В. Ленина и Л. Троцкого. На эти "деяния" она потребовала у Махно 700 тысяч рублей. Получив отказ, Никифорова пригрозила забрать деньги силой. Ссора с Махно едва не дошла до перестрелки. Махно все же выгнал Марусю из своего вагона, кинув ей в виде подачки пачку денег (около 100 тысяч рублей) со словами: "Вы мне надоели! Чтобы я вас тут больше не видел!" По другим данным, Махно одобрил план террора и дал Марусе на убийство Ленина и большевистских диктаторов в Украине – Раковского и Пятакова – 500 тысяч рублей. Но заказчики убийств никогда не рекламируют себя.
Маруся и ее воинство навсегда покидают Махно и "махновский" Мелитополь. Часть отряда под руководством Казимира Ковалевича отправляется в Харьков с целью освободить махновцев из тюрьмы и взорвать здание ЧК. Однако анархисты прибывают в Харьков слишком поздно: махновские командиры расстреляны, а Троцкий и органы ЧК отбыли из Харькова, вследствие эвакуации города. Группа Ковалевича и Маруся направляются в Москву, чтобы убить Ленина в ответ на расстрел "красными" главы штаба махновских войск Озерова, махновских командиров Павленко, Коробко, Будыги, Костина, Полунина, Добролюбова. Тогда же анархистский отряд Макса Черняка отправился в Сибирь, с целью убийства "верховного правителя России" адмирала Колчака.
Летом 1919 года Маруся в Москве вместе со своим мужем – польским анархистом-террористом Витольдом Бжестоком, за плечами которого был опыт тринадцати лет террористической деятельности, он грезил организацией "Всеевропейской анархической революции". Анархистская чета рассчитывала раздобыть в Украине и России несколько миллионов на всемирную революцию.