...Много лет прошло с тех пор, как молодой, никому не известный отставной поручик Новиков дерзко и зло высмеял на страницах «Трутня» плохо изъясняющегося на русском языке автора «Всякой всячины». Этим автором была Екатерина II. «Госпожа «Всякая всячина»,— писал Новиков,— на нас прогневалась и наши нравоучительные рассуждения называет ругательствами. Но теперь вижу, что она меньше виновата, нежели я думал. Вся ее вина состоит в том, что на русском языке изъясняться не умеет».
На критику со стороны «Всякой всячины» он ответил: «Госпожа «Всякая всячина» написала, что пятый лист «Трутня» уничтожает. И это как-то сказано не по-русски уничтожить, то есть в ничто превратить есть слово, самовластию свойственное, а таким безделицам, как ее листки, никакая власть не прилична».
Тогда в мае 1769 года императрица впервые узнала его имя. Потом Новиков действовал более осторожно, обращаясь на страницах своего журнала к самому себе, писал: «Наконец, требую от тебя, чтобы ты в сей дороге никогда не разлучался с той прекрасною женщиною, с которою иногда я тебя видел: ты отгадать можешь, что она называется Осторожность». Свой третий сатирический журнал «Живописец» он открыл посвящением неизвестному господину сочинителю комедии «О, время!». Каждый грамотный человек в России знал, что ее автором является Екатерина II. Каких только похвал не расточал Новиков императрице, сравнивая ее талант с «молиеровым». Екатерине II пришлось притвориться польщенной и даже обещать, что она будет присылать в журнал свои сочинения.
Много событий свершилось в канун 1792 года. Во Франции пала твердыня французского абсолютизма. Королевская семья ждала в крепости своей участи. Еще до того, как свершилась революция во Франции, здравый смысл подсказал русской самодержице, что в учении энциклопедистов, которым она еще недавно восхищалась, кроется опасность и для ее личного благополучия. И вот бывшая поклонница Вольтера уже разрешила ордену иезуитов, запятнавшему себя многими черными делами, интригами, официально упраздненному папой и изгнанному изо всех европейских государств, обосноваться в Белоруссии. Присутствие иезуитов сказалось очень скоро. Святые отцы, используя клевету, инсинуации, добились конфискации правдивых, но опасных для них книг.
23 сентября 1784 года последовал указ Екатерины II об аресте книг «История ордена иезуитов» и «О влиянии наук», напечатанных в типографии Новикова. «Я не позволю осуждать иезуитов, которым обещала свое покровительство»,— писала Екатерина II. Новиков не собирался осуждать их, в книге были только факты, но этого-то и боялись святые отцы.
Московскому архиепископу Платону Екатерина повелела «испытать Новикова в законе нашем». После испытания, к неудовольствию императрицы, святейший дал следующий отзыв: «Как пред престолом Божьим, так и пред престолом твоим, Всемилостивейшая Государыня Императрица, я одолжаюсь по совести и сану моему донести тебе, что молю всещедрого Бога, чтобы не только в словесной пастве, Богом и тобою, всемилостивейшая Государыня, мне вверенной, но и во всем мире были христиане, такие, как Новиков». Новиков остался на свободе, хотя и понес немалые материальные потери в связи с конфискацией многих изданных им книг. Но и после этого преследования Новикова и московских мартинистов, которых Екатерина презрительно называла мартышками и писала о них издевательские комедии, не прекратились. 23 декабря 1785 года последовал новый указ об обысках в типографиях Новикова за «колобродство, нелепые умствования и раскол».
1 мая 1789 года закончился срок аренды университетской типографии. Екатерина II уже заранее побеспокоилась, чтобы «аренду Новикову не продлевать. Он опасный человек, фанатик». Затем наступил крах Типографической компании. Ловкий интриган барон Шредер внезапно уехал в Германию, обещая достать денег, а оттуда написал, что в Москву не вернется, и потребовал свою долю. Гендриков дом, купленный для компании, стоил баснословно дорого. Новиков все долги компании взял на себя, обязуясь заплатить поверившим и давшим ему деньги людям. Компанию в 1791 году пришлось распустить.
В начале 1792 года уже было порушено дело жизни просветителя. Училища, открытые им, закрывались. Московские склады, переполненные тысячами книг, были опечатаны. На торговлю книгами был наложен запрет. Новиков был лишен дальнейшей возможности просвещать русское общество. Он остался не у дел и почти безвыездно жил в имении, чувствуя, как круг смыкается.