Общество безмолвствовало. Лишь Карамзин, не изменив присущему ему благородству, дерзнул воззвать к гуманным чувствам Екатерины II. В майском номере 1792 года издаваемого им «Московского журнала» была напечатана ода «К милости», где есть такие строки: «Там трон навек не потрясется, где он любовью бережется». Царица хранила молчание. И опасаясь нежелательных для себя последствий, Карамзин поспешил закрыть журнал.
Друг и единомышленник Новикова по масонскому ордеру архитектор Баженов, письмо которого сыграло столь роковую роль в судьбе Новикова, боясь преследования, закрыл архитектурную школу, созданную им в Москве, и спешно выехал под защиту Павла в Гатчину, где цесаревич назначил его главным архитектором гатчинского двора.
Будущий великий баснописец И. А. Крылов, также заподозренный императрицей в неблагонадежности, выпускавший в 1793 году журнал «Санкт-Петербургский Меркурий», вынужден был его закрыть и, памятуя слова Новикова в одном из его журналов: «Близ царя — близ смерти», покинул северную столицу и некоторое время жил в Москве.
С арестом Новикова эпоха торжествующей Минервы, богини государственной мудрости, покровительницы искусств, закончилась. По словам В. О. Ключевского, «царствование Екатерины II кончилось банкротством как экономическим, так и нравственным».
Французская революция обострила все противоречия в России и усилила правительственную реакцию на любое проявление свободомыслия. У Екатерины IIбыли объективные причины опасаться нежелательных для себя последствий распространяемого Новиковым в России просвещения. Она боялась и деятельности московских масонов, их связей с заграницей и наследником, будущим императором Павлом I. Но ведь не сочла же она необходимым по отношению к кому-то другому, кроме Новикова, применить такие суровые меры. Даже в сравнении с мерой наказания, определенной Радищеву («десятилетнее безысходное пребывание в Сибири»), прямо призывавшему к свержению самодержавия, жестокость, проявленная по отношению к Новикову («15 лет Шлиссельбургскои крепости для покаяния в своих злодеяниях») не находит объяснения. Это противоречие было замечено еще Пушкиным, который сказал: «Екатерина любила просвещение, а Новиков, распространивший первые лучи его, перешел из рук Шешковского в темницу, где и находился до самой ее смерти, Радищев сослан был в Сибирь».
Из всех московских друзей Новикова только трое самых видных масонов испытали царскую немилость — И. В. Лопухин, И. П. Тургенев и Н. П. Трубецкой. И. П. Тургенев и Н. П. Трубецкой были высланы в свои поместья, а И. В. Лопухин, сумев до слез растрогать императрицу описанием горя своего больного и старого отца, был оставлен ею в Москве. Сентиментальность и жестокость одинаково были присущи этой женщине. Действительно ли масонов опасалась Екатерина? В чем истинная причина решения императрицы подвергнуть Новикова аресту и заключению в Шлиссельбургскую крепость?
В соответствии с указом Екатерины от 1 августа 1792 года Новиков официально обвинялся прежде всего как руководитель масонской ложи мартинистов, которая проводила «тайные сборища», где якобы выражалось повиновение ордену розенкрейцеров и подчинение герцогу Брауншвейгскому в нарушение законной власти, и вела переписку с немецкими масонами во время «недоброхотства» Пруссии к России, чем нарушала верноподданническую присягу. Кроме того, Новикову вменялось в вину, что он издавал и продавал «непозволяемыя, развращенныя и противныя закону православному книги». Последнее обвинение прямо было направлено против просветительской деятельности писателя. В своих показаниях Новиков полностью опроверг
Давняя неприязнь Екатерины к московским масонам в какой-то степени могла быть объяснена тем, что она видела в них угрозу своей власти, особенно в их связях с Павлом, но, как известно, русские масоны никогда не ставили своей целью свержение существующего правительства. «Будь верен правительству и повинуйся законам» — одна из первых заповедей масонского катехизиса. Милостивое отношение Екатерины к московским масонам свидетельствует, что истинная вина Новикова заключалась не в его принадлежности к масонам, а в его общественной и просветительской деятельности. Многие дореволюционные исследователи жизни и творчества Новикова — М. Н. Лонгинов, В. А. Боголюбов, С. Г. Усова — придерживались единого мнения: Новиков был осужден за свою общественную деятельность. Его активная гражданская позиция в деле помощи голодающим крестьянам была непонятна и неприятна Екатерине, так же как и вся его издательская и просветительская деятельность, независимая от ее осуждения или одобрения.