В отличие от Ил-86, в составе топлива для Ил-96 допускается применение противокристаллической (ПВК) жидкости. Однако благодаря наличию обогрева топливных фильтров Ил-96 может эксплуатироваться и без противообледенительных присадок к топливу, что является его эксплуатационным преимуществом. В полете температура топлива в баках подлежит контролю.
Некоторым осложнением эксплуатации самолета является параметр, изложенный в Руководстве по летной эксплуатации (РЛЭ), "максимальная масса самолета без топлива – 159 т". В ряде случаев этот норматив (необходимость столь высокой точности которого до конца так и не объяснена летным специалистам) ограничивает коммерческую загрузку самолета и, таким образом, уменьшает его прибыльность. Автор в этом убедился лично перед рейсом на Сахалин – при расчете максимальной взлетной массы именно той самой "скрытой" (до параметра 160 т) тонны и не хватило, и пришлось недогрузить в самолет один контейнер. Откровенно временный характер носит и ряд иных действующих ограничений – по максимальным температурам наружного воздуха и др., что также ограничивает эксплуатацию самолета и коммерческую отдачу от него.
Стандартные компоновки самолета – на 235 мест с вариантом первый класс+бизнес+туристический класс, 300 мест – туристический класс. Но вообще компоновка может меняться по желанию эксплуатанта как угодно (этому способствует также большой запас центровки самолета). Например, на самолете №96013 между первым и вторым салоном имеются два буфета, как на самолетах со смешанной компоновкой, однако он имеет компоновку экономического класса и фактическую вместимость 294 пассажира. Буфетно- кухонное оборудование самолета рассчитано на многочасовой полет и позволяет обеспечить пассажиров двухразовым питанием с выбором горячих блюд. Так же обеспечиваются все прочие виды обслуживания пассажиров по первому, бизнес- и экономическому классу, существующие в современной международной практике авиасервиса на борту.
Минимальное количество бортпроводников на самолете – 10 при полете над открытым водным пространством, в остальных случаях – не менее 8. В салонах самолета имеется запас места для размещения на взлете и посадке дополнительного состава бортпроводников при наличии на самолете первого или бизнес-класса..
Салон самолета выполнен в располагающих, мягких тонах отделки, по- ильюшински приветливо. В самолете просторно, нет ощущения сжатого объема, что достигается отчасти отсутствием полок для ручной клади по центру фюзеляжа над центральным рядом кресел. Однако большой размер существующих полок над крайними рядами достаточен для пассажиров. Очень удобны гардеробы. Об эффекте "тоннеля" ("сигары") уже говорилось, однако он в большой степени компенсируется располагающим характером интерьеров салона, решением его цветового дизайна. Эмоциональное воздействие салона Ил-96 на пассажира откровенно положительно. В то же время салоны Ил-86 лично мне нравятся больше в силу их большей компактности.
По шагу кресел в экономическом классе (870 мм) самолет Ил-96 очень комфортабелен; особенно ощущается это в дальних многочасовых полетах.
После запуска ВСУ первую минуту в кабине иногда бывает небольшой запах дизельного выхлопа. Причиной этому является то, что створка ВСУ расположена низко и действительно может втягивать выхлопы от близко расположенной наземной техники.
На Ил-96 имеется бортовая вычислительная машина с печатающим устройством, обеспечивающая возможность фиксации всех основных полетных параметров во время любого этапа полета и распечатки для пользования экипажем на печатном бланке. Также самолет оборудован системой речевой предупредительной информации о возникновении нештатных режимов полета и, наряду с ней, визуальной сигнализацией, включающей в себя как предупредительные табло, так и индикацию на дисплее письменных рекомендаций по действиям экипажа в случае неисправностей и отказов.
Запуск двигателей, хотя и полностью автоматизированный (одно нажатие кнопки), требует повышенного внимания от бортинженера. В практике уже имелись случаи, когда в результате несвоевременных действий бортинженера двигатель повреждался при запуске. С момента начала запуска двигателей бортинженер ни на минуту не ослабляет внимания практически на всем протяжении полета. В дальний рейс стараются под разными предлогами (в качестве инструктора или проверяющего) записывать двух бортинженеров, хотя по штату положен один – как в свое время, когда на самолете стояла система И-42, записывали двух штурманов.
Хороший обзор из кабины обеспечивает удобное управление самолетом на рулении и разбеге. Имея сравнительно небольшой разброс внешних стоек шасси по ширине (10,4 м), самолет, несмотря на свои большие размеры, на земле достаточно маневрен. Однако большой размах крыла требует от пилотов повышенного внимания к наличию препятствий в зоне руления.