Однако недостатков отметили, пожалуй, не меньше, чем достоинств. Громоздкие капоты моторов ухудшили обзор вбок из пилотской кабины. Но не это было главным: очень низкой оказалась надежность новой мотоустановки, в эксплуатации она была сложной, капризной и иногда просто опасной. Здесь проявились и недоведенность в то время самого М-82, и ошибки в конструкции установки, и технологические дефекты ряда кустарно изготовленных опытных агрегатов (например, маслорадиаторов). Формально моторесурс М-82 выпуска завода № 19 составлял 100 часов, но постоянно отказывали свечи ВГ-12. При испытаниях в НИИ ВВС только на одной машине сменили 210 свечей! Они выходили из строя через каждые 5-6 ч эксплуатации. Неудовлетворительно работало управление форсажем – он даже не всегда включался, а ведь форсированные режимы очень жестко ограничены по времени. В случае затягивания форсажа быстрый отказ двигателя неизбежен. Кроме того, плохо функционировал высотный корректор, разрывались маслорадиаторы, отказывали механизмы открытия-закрытия передних шторок капота, выявились вибрации на некоторых режимах работы двигателей.
Пе-2 имел большую посадочную скорость, а более тяжелый вариант с М-82 садился на еще более высокой скорости. И посадка на полном газу, и посадка с планирования с выключенными двигателями для Пе-2 с его крылом были одинаково опасны. Оба варианта требовали большого мастерства, недоступного "скороспелым" пилотам военного времени. Новые же моторы очень плохо работали на режиме малого газа и регулярно глохли, делая посадку опасной операцией. И, наконец, имелся целый ряд эксплуатационных недостатков.
Механики жаловались на то, что трудно подобраться к сливным кранам маслобаков. Из-за неудачной конструкции мотогондол моторы очень долго прогревались перед вылетом; зимой на эту процедуру уходило до 3-4 ч. Новые моторы были и более "прожорливыми", поэтому дальность полета по сравнению с вариантом с М-105РА существенно уменьшилась.
По итогам испытаний в НИИ ВВС самолет № 19/31 был признан недоведенным, хотя все его достоинства и недостатки были вполне объективно оценены. Заводу предложили устранить выявленные дефекты и изготовить малую серию самолетов с моторами М-82. В документах того времени вариант Пе-2 с моторами М-82 предлагалось именовать Пе-4, однако это название не прижилось. Первые пять Пе-2 этой серии завод № 22 собрал в августе 1943 г. Как и в случае с разведчиками и учебными самолетами, самолеты с моторами М- 82Ф выпускались как бы внутри 20-са- молетных серий.
Первой из таких машин был самолет № 1/226, затем сделали по одной-две машины в сериях с 227-й по 243-ю, а вот 244-я серия почти целиком оснащалась швецовскими моторами. На этих самолетах внедрили все новинки, появившиеся к тому времени на серийных Пе-2, в том числе фонарь пилотской кабины со сдвинутой вперед мачтой радиоантенны и усовершенствованную турель у штурмана. Чуть раньше, чем на сериях с М-105ПФ, появился расширенный верхний люк. Неизменным осталось отсутствие пулеметов ШКАС у пилота и стрелка, что впоследствии подвергалось критике в строевых частях.
Носовой ШКАС, например, часто использовался для пристрелки. В серии были восстановлены мотогондольные бомбоотсеки. От свинцового груза в хвосте отказались, заменив его стальной плитой, установленной вдоль 13-го шпангоута секции Ф-3, кроме того, аккумулятор и кислородные баллоны перенесли дальше в хвост. Мясищев в своей августовской (1943 г.) программе планировал продолжение работ по совершенствованию типа Пе-4 путем установки нового фонаря с турелью ФЗ, изменения конструкции средней секции фюзеляжа по типу Пе-2Ф и увеличения внутренней бомбовой нагрузки. Но этот вариант машины, названный Пе-4А, не был изготовлен.
Из 32 изготовленных серийных Пе-2 со звездообразными двигателями военной приемке сдали только 24. Несмотря на столь небольшое количество этих машин, они появились на фронте и участвовали в боевых действиях. Головной серийный самолет Пе-2 с М-82Ф испытали в НИИ ВВС только в феврале 1944 г., причем это был не № 1/226(у него в ходе заводских испытаний оборвался шатун и самолет был выведен из строя), а машина № 1/232. Из-за неудовлетворительной работы карбюраторов и высотных корректоров двигатели на высоте более 3000-4000 м не выдавали полную мощность, поэтому максимальная скорость самолета на второй границе высотности оказалась меньшей, чем на первой границе (526 км/ч). Главных же причин, сдерживавших серийный выпуск Пе-2 с моторами М-82, было две: нехватка двигателей М-82Ф и очень низкое качество маслорадиаторов. До сих пор не совсем ясно, как мог Государственный Комитет Обороны (ГКО) планировать массовый выпуск "пешек" со швецовскими двигателями, если их не хватало даже для истребителей Лавочкина.