Негативная реакция руководства ВВС на "ослабленное оборонительное вооружение" Пе-2И после завершения второго этапа испытаний "советского Москито" была вполне ясна. Поэтому в приказе НКАП № 42 от 5 февраля 1945 г. ставилась задача "оснастить второй опытный ДБ-108 усиленным вариантом вооружения", дополнительно включавшим люковую пушечную установку и пулемет УБТ на шкворне у третьего члена экипажа – стрелка радиста. Постройка этой машины была завершена 25 мая 1945 г. При всем несовершенстве сделанных на скорую руку новых подвижных установок их внедрение диктовалось жестокой необходимостью.
Довести страдающую хроническими дефектами хвостовую ДЭУ по-прежнему не удавалось. Окончательно решить задачу создания дистанционно управляемой пушечной установки советская авиапромышленность сумела лишь спустя несколько лет, после ознакомления с трофейными немецкими разработками и подвижными башнями американского бомбардировщика В-29.
С первых дней летных испытаний прототипа ДБ-108 стало очевидно, что новые моторы являются еще более "сырыми" и капризными, чем ВК- 107А. Доводка машины оказалась исключительно сложным и опасным делом. В одном из испытательных полетов 5 июня 1945г произошла катастрофа – при заходе на посадку на одном моторе (второй горел и был выключен) летчик Васильченко зацепился за деревенский дом и врезался в другой. Погиб ведущий инженер самолета Л.А. Дьяконов и трое жителей (в том числе двое детей), а сам Васильченко был тяжело ранен и чудом остался жив. Косвенной причиной катастрофы явилась халатность руководства летно- испытательной станции завода № 22, выпустившего опытный самолет в полет одновременно с плановым облетом серийных машин. Одна из этих "пешек" помешала тянувшему на посадку Васильченко, ему пришлось делать "змейку" и потерять драгоценные секунды и метры высоты,
Следует отметить, что цепочка аварий и катастроф в первые послевоенные месяцы серьезно сказалась на реноме ОКО-22. Так, 29 мая произошел взрыв ракетного двигателя РД-1ХЗ на опытном самолете Пе-2 (заводской № 15/185), а 4 июля в результате обрыва шатуна мотора потерпел аварию третий серийный Пе-2И. В этом же месяце в соответствии с постановлением ГОКО завод № 22 прекратил выпуск боевых вариантов "пешек" и полностью перешел на производство учебных УПе-2, совершенно необходимых для обучения экипажей в мирное время. В августе последовало решение о запуске в серию на заводе № 22 самолета Б-4 (будущего Ту-4). Конструкторский коллектив ОКО-22 передали в подчинение И.Ф. Незвалю, который, в свою очередь, поступил в распоряжение нового главного конструктора Туполева.
Однако основные кадры Мясищева, занимавшиеся проектированием новых самолетов, к этому времени трудились в Москве. Для выполнения опытных работ Владимиру Михайловичу еще в 1944 г. предоставили небольшой авиазавод № 482. После сворачивания работ по "суперпешкам" на заводе № 22, сюда же перебросили, предварительно разобрав, второй опытный бомбардировщик ДБ-108. Его конструкция послужила основой для создания двух новых вариантов "суперпешки": дальнего истребителя сопровождения ДИС с двумя моторами ВК- 107Аи высотного бомбардировщика с еще более мощными двигателями ВК-109 (в переписке он обозначался ВБ 2ВК-109, ВДБ 2ВК- 109 или ВБ-109).
Необходимость в истребителе сопровождения, способном обеспечивать пролет дальних бомбардировщиков через наиболее опасную прифронтовую зону, а если возможно – то и на всю глубину боевой задачи, не раз высказывалась специалистами НИИ ВВС. Так, на 1944 г. задавались следующие желаемые характеристики к "двухмоторному двухместному истребителю, крейсеру и истребителю ПВО": "Максимальная скорость полета у земли – 625 км/ч, на высоте – 700 км/ч, два мотора воздушного охлаждения, дальность полета 3000 км, вооружение – две пушки ВЯ и два пулемета УБК".
Советские ВВС в годы Великой Отечественной войны не располагали машинами такого назначения, что вынуждало применять Авиацию дальнего действия исключительно в ночных условиях. Однако в 1944-1945 гг. темнота перестала быть эффективным средством защиты, поскольку совершенствование немцами наземных и авиационных радиолокаторов начало затруднять использование этой тактики.
В свою очередь, в Советском Союзе также разработали несколько образцов самолетных РЛС, предназначенных для размещения на двухмоторных машинах (значительная масса оборудования и необходимость в специалисте-операторе на борту в то время исключали оснащение ими одномоторных носителей). Ночные истребители, способные часами барражировать над охраняемыми объектами, невозможно было оснастить прожорливыми реактивными двигателями первого поколения. Поэтому "экологическая ниша" для дальнего винтового истребителя сохранялась в ВВС ряда стран на протяжении 5-7 лет после окончания войны. Так, в Великобритании довольно долго оставались на вооружении "Москито" NF.36, а в США Р- 61 "Блэк Уидоу".