Для сохранения оставшейся матчасти личный состав военного представительства оказывал непосредственную помощь в отправке готовой продукции. Только силами военпредов 16 октября было отправлено 18 истребителей и один штурмовик, а 18 октября по их требованию началась доводка находящихся в сборочном цехе самолётов. Благодаря предпринятым усилиям администрации завода удалось собрать необходимую рабочую силу и к 24 октября сдать военпредам 42 МиГ-3 и один Ил-2. Причём из личного состава военной приёмки на производстве трудилось 19 человек, а остальных отправили в Куйбышев. Производство истребителей МиГ-3 в г. Москве завершилось сдачей ГУ ВВС КА машины № 5197.
В г. Куйбышеве выпуск МиГ-3 возобновился 5 декабря сдачей военпредам первых двух самолётов. В дальнейшем планировалось выпускать по две машины ежесуточно с тем, чтобы до конца года обеспечить постройку 50 истребителей. В тоже время производство штурмовиков Ил-2 планировалось развернуть не ранее 15 декабря с выпуском по одному самолёту ежесуточно, то есть до конца года завод предполагал выпустить не более 10–15 машин при плане 100. Это объяснялось небольшим заделом, привезённым из Москвы, а также отсутствием ряда крупных агрегатов, таких как шасси и хвостовые части фюзеляжа. Выпуск Ил-2 на заводе № 18 тоже не отвечал требования фронта. Естественно такой расклад не мог удовлетворить руководство страны. Последовавшая 23 декабря известная телеграмма И.В. Сталина окончательно решила судьбу штурмовика Ил-2 и истребителя МиГ-3.
Во втором полугодии авиазавод № 1 выпустил 1737 истребителей МиГ-3. Из этого количества военное представительство приняло 1642 самолёта. В строевые части ВВС КА была отправлена 1691 машина. Для авиации ВМФ в 1941 г. из 162 принятых МиГ-3 поставлено 157 самолётов (в первом полугодии 67, во втором 90, из них 25 в июле, 10 в августе, 47 в сентябре и восемь в октябре), а пять переадресовано ГУ ВВС КА.
Работа коллектива ОКО под руководством А.И. Микояна на авиазаводе № 1 продолжалась до весны 1942 г. После разгрома немецких войск под Москвой в столице началось восстановление авиационного производства. В соответствии с Постановлением ГКО № 1436 от 13 марта 1942 г. и последовавшим 16 марта приказом НКАП № 207 коллектив ОКО вместе с опытным производством возвращался в Москву. Для организации нового опытного завода, получившего номер 155, выделили территорию завода № 480. Директором и главным конструктором вновь организованного завода № 155 (ОКБ-155) назначили А.И. Микояна, а его заместителем М.И. Гуревича. Также на завод № 155 перевели и ремонтную базу по самолётам МиГ-3 с личным составом во главе с А.Т. Каревым.
Творческая деятельность ОКБ на новом месте началась в мае 1942 г. Основные силы были направлены на дальнейшее совершенствование истребителя МиГ-3, а также на создание машин с более высокими лётно-тактическими данными, обладавших большими скоростями полёта и большим практическим потолком. Одновременно с развёртыванием опытно-конструкторских работ ОКБ занималось и развитием производственной базы.
Кроме того, из полученных с завода № 1 и рембазы заделов и готовых изделий в период с июня по ноябрь 1942 г. было собрано 30 истребителей МиГ-3. Сборочный цех завода № 155 каждый месяц покидало по пять машин. Из 30 изготовленных самолётов 27 передали представителям ГУ ВВС КА, а три машины — УВВС ВМФ. Все МиГи имели вооружение, состоящее из двух 20 мм пушек ШВАК и двух батарей ЗРОБ-82, а семь машин к тому же оснастили моторами АМ-38. По отзывам лётчиков строевых частей, качество выпущенных истребителей было хорошее. Кроме этого и авиазавод № 1 из оставшегося задела в 1942 г. выпустил 22 самолёта МиГ-3.
Стоит отметить, что установка синхронных пушек ШВАК была предварительно отработана на самолёте МиГ-3 № 6005, который в апреле 1942 г. прошёл заводские полигонные испытания в филиале НИПАВ ВВС КА. Пушки разместили на месте снятых пулемётов УБС, а их штатный боезапас составлял 200 патронов на каждую. По итогам испытаний пушечная установка получила высокую оценку и её рекомендовали для применения на истребителях МиГ-3 двухточечного варианта (в серии выпускался с сентября 1941 г.). После завершения испытаний МиГ-3 № 6005 передали в 12-й гвардейский иап ПВО.
Особенность установки пушек ШВАК состояла в том, что ранее выпущенные машины, вооруженные двумя 12,7 мм пулемётами УБС, можно было перевооружить в ангарных условиях или мастерских без особых усилий, используя лишь доработочный комплект. Благодаря такой взаимозаменяемости в августе пушками ШВАК перевооружили два МиГа, прибывшие на завод № 155 для капитального ремонта из 122-го иап.