По итогам проведённого переучивания лётчик-испытатель Л.М. Кувшинов в своем отчёте также отметил, что истребители МиГ-1 и МиГ-3 по своим лётно-техническим данным были вполне доступны лётному составу, освоившему технику пилотирования на истребителе И-16 с оценкой «хорошо», то есть уверенно и грамотно летавшему на последнем. В отчёте также отмечалось, что и технический состав дивизии не встречал особых трудностей при освоении новых самолётов.
Не менее плодотворно работала вторая бригада, в которую также входили инструкторы от военной приёмки авиазавода № 1. Через день после отправки первого эшелона в Белосток для проведения переучивания лётно-техничес- кого состава 41-го авиаполка выехала бригада инструкторов во главе с подполковником Н.Б. Фегервари. Первоначально планировалось, что лётчики-испытатели Н.Б. Фегервари и И.А. Доброскокин получат на заводе № 1 два самолёта МиГ-3, предназначенных для 41-го иап, и перегонят их 22 января в Белосток. Однако нелётная погода внесла в планы военных свои коррективы, поэтому лётчикам тоже пришлось воспользоваться услугами железнодорожного транспорта. Также в Белосток для оказания помощи направили бригаду специалистов завода № 1.
Эшелон с истребителями МиГ-1 прибыл к месту назначения 26 января, а к 3 февраля были собраны первые пять самолётов. К этому же времени бригада инструкторов подготовила к вылету 31 лётчика, но до 5 февраля нелётная погода не благоприятствовала полётам. Между тем 12 техников, прошедшие переподготовку на заводе № 1, готовили к эксплуатации новой матчасти остальной техсостав полка, совмещая учёбу со сборкой истребителей.
6 февраля в Белосток прибыл второй эшелон. В этот же день к полётам подготовили девять самолётов МиГ-1, а погода позволила выпустить восемь человек руководящего состава полка. Сборка всех 60 полученных истребителей завершилась к 20 февраля. К началу марта на МиГах было выпущено 36 лётчиков, и ещё шесть подготовлено к самостоятельным полётам.
После убытия бригады инструкторов переучивание лётно-технического состава 41-го авиаполка продолжилось как в месте постоянного базирования, так и на заводе № 1. Одновременно с 41-м иап к программе переучивания на новую матчасть были привлечены и другие истребительные авиаполки 9-й авиадивизии — 124-й, 126-й и 129-й иап. Выпуск руководящего лётного состава этих полков также был организован и прошёл под руководством бригады инструкторов на базе 41-го иап.
Одновременно с ходом серийного производства продолжалось совершенствование истребителя МиГ-3 в части улучшения лётно-так- тических, технических и эксплуатационных характеристик, а также устранение выявленных конструктивных и производственных недостатков. На 2 апреля, то есть к моменту получения из НИИ ВВС КА отчёта по государственным испытаниям МиГ-3, не менее 70 % указанных в нём дефектов были уже устранены в серийных чертежах или на самолёте. А к середине апреля по дефектам, предъявленным военным представительством, на заводе № 1 провели более 1800 изменений в чертежах и на самолёте. Уже в мае 1941 г. военпреды отметили значительное улучшение качества выпускаемой продукции. В свою очередь выпуск МиГов несколько ограничивала несвоевременная поставка отдельных агрегатов, деталей и материалов. Так в июне завод № 66 НКВ не додал 200 пулемётов БС, завод № 355 НКВ с большими перебоями поставлял прицелы ПБП-1А и недопоставил в первом полугодии 203 комплекта, а Ижорский завод НКСП не додал в этот же период 550 бронеспинок А-61. Срыв поставок также допустили ещё шесть предприятий различных наркоматов.
В первом полугодии 1941 г. из строевых частей по истребителю МиГ-3 поступило пять рекламаций. Основным и наиболее опасным производственным дефектом считался прострел лопастей винта вследствие самопроизвольной разрегулировки синхронного привода пулемётов. Поэтому, помимо обеспечения серийного выпуска МиГов и устранения выявленных дефектов на выпускаемой продукции, завод № 1 проводил большую работу по доработке в строевых частях ранее выпущенных самолётов. На этих работах до начала войны в среднем ежемесячно было занято 100–120 рабочих и ИТР. Кроме этого в военных округах постоянно находилась инспекторская группа, следившая за правильной эксплуатацией МиГов и дававшая необходимые указания лётно-техническому составу по эксплуатации и ремонту. Например, благодаря продолжительному присутствию заводского инспектора в Закавказском военном округе, последний в течение года не предъявил заводу № 1 ни одной претензии и хорошо освоил эксплуатацию истребителя МиГ-3.