Пока первый эшелон с МиГами следовал к месту назначения, приказом ВВС КА от 7 января 1941 г. был уточнён порядок и установлены сроки переучивания лётного и технического состава строевых частей на новую матчасть (МиГ-3, ЛаГГ-3, Як-1, Як-4, Су-2, Пе-2 и Ар-2), поступающую на вооружение ВВС КА в первом полугодии. В соответствии с этим приказом переучивание на истребители МиГ-3 организовывалось при НИИ ВВС КА и ВВС ДВФ.
Как и ранее, командующим ВВС округов предписывалось направлять в НИИ ВВС КА для переучивания по три человека от руководящего лётного состава (не ниже командира эскадрилий) и два человека от инженерно-технического состава. Обучение должно было проходить на истребителях, получаемых проходящим переподготовку на авиазаводах техсоставом, а после его окончания самолёты предписывалось перегонять в места дислокации авиаполков.
Переучивание остального личного состава также надлежало производить в местах постоянного базирования частей силами прошедшего переподготовку руководящего состава. Кроме этого начальнику НИИ ВВС КА предписывалось командировать в строевые части по согласованию с командующими ВВС округов инструкторский лётно-технический состав.
На основании полученных указаний приказом НИИ ВВС КА от 15 января были сформированы бригады инструкторов, которые комплектовались специалистами НИИ ВВС КА, военной приёмки авиазавода № 1 и 2-го Управления ГУ ВВС КА. Общее руководство переучиванием в строевых частях возложили на заместителя начальника института генерал-майора авиации М.В. Шишкина, а руководство переучиванием в НИИ ВВС КА на начальника 4-го отдела (полк боевого применения) комбрига А.И. Залевского.
В соответствии с приказом для оказания помощи строевым частям ВВС округов в переучивании на истребители МиГ-1 и МиГ-3 было сформировано четыре бригады.
Бригада № 1 — начальник бригады и лётчик-инструктор полковник М.И. Марцелюк (от военной приёмки), лётчик-инструктор старший лейтенант Л.М. Кувшинов (от НИИ ВВС КА), ведущий инженер военинженер 1-го ранга С.Я. Плахов (от 2-го управления ГУ ВВС КА), техник по самолёту воентехник 1-го ранга С.В. Семёнов (от военной приёмки) и техник по вооружению воентехник 1-го ранга Н.М. Сафронов (от НИИ ВВС КА).
Бригада № 2 — начальник бригады и лётчик-инструктор подполковник Н.Б. Фегервари (от военной приёмки), лётчик-инструктор капитан И.А. Доброскокин (от военной приёмки) и ведущий инженер военинженер 3-го ранга А.П. Шаповалов (от 2-го управления ГУ ВВС КА).
Бригада № 3 (от НИИ ВВС КА) — начальник бригады и лётчик-инструктор старший лейтенант А.Г. Ку- бышкин, ведущий инженер военинженер 3-го ранга В.И. Алексеенко, техник по самолёту воентехник 1-го ранга А.И. Кузнецов и техник по вооружению воентехник 1-го ранга И.Ф. Мякинников.
Бригада № 4 — начальник бригады и лётчик-инструктор майор А.А. Автономов (от НИИ ВВС КА), ведущий инженер военинженер 1-го ранга И.Ф. Воедило (от 2-го управления ГУ ВВС КА) и техник по самолёту воентехник 2-го ранга Н.А. Андреев (от НИИ ВВС КА).
В задачу бригады № 1 входило переучивание лётно-технического состава 31-го иап ВВС ПрибОВО, бригаде № 2 поручалось переучивание 41-го иап ВВС ЗапОВО, бригаде № 3 — 28-го иап ВВС КОВО и бригаде № 4 — 159-го иап ВВС ЛВО.
Через месяц, 19 февраля, начальник ГУ ВВС КА генерал-лейтенант авиации П.В. Рачагов утвердил «План переучивания лётного состава частей ВВС Красной Армии на новую материальную часть на 1941 год». В соответствии с этим планом в течение года истребители МиГ-3 должны были получить 35 авиаполков, в том числе: пять в ПрибОВО, по четыре в ЛВО, ЗапОВО, КОВО и ЗабВО, по три в ОдВО и МВО, семь в ДВФ и один в САВО.
Эшелон с 29 МиГами прибыл в Каунас 15 января 1941 г., а 18 января для оказания помощи в организации переучивания 31-го иап выехала бригада во главе с полковником М.И. Марцелюком. Помимо инструкторов в Каунас направили бригаду специалистов авиазавода № 1 для оказания помощи в сборке самолётов и устранения выявленных при этом недостатков.
До приезда бригады инструкторов руководящий состав дивизии полностью изучил материальную часть самолёта МиГ-1. После прибытия бригады в Каунас приказом по 8-й сад от 20 января с её участием была создана комиссия под председательством командира дивизии полковника В.А. Гущина, которая на следующий день приняла зачёты. Кроме этого с лётным составом провели занятия, где тщательно разобрали все вопросы, касающиеся техники пилотирования и эксплуатации матчасти на земле и в воздухе.
Стоит отметить, что переучиванием, которое проходило в период с 20 января по 1 марта, был охвачен не только 31-й авиаполк, но и 15-й иап, а также управление 8-й сад. Кроме этого к освоению новой техники подключили руководящий лётно-технический состав 10-го иап, который входил в состав 7-й сад и базировался в Шавли (Шауляе).