В 1998 г. на основе 1-го управления был создан Летно- испытательный центр, произошло сокращение личного состава. В ЛИЦ вошли все летные части, находящиеся на авиабазе Ахтубинск (Школа летчиков-испытателей, смешанная авиационная эскадрилья), к ЛИЦ прикомандировали и пять испытательных отделов.
Не менее знаменитое 2-е управление во главе с генерал-майором C.А. Рычковым было создано в 1960 г. для проведения комплексных испытаний тяжелых самолетов и авиационных систем поражения. В состав управления вошла Служба летных испытаний бомбардировочной авиации (СЛИ БА), две авиационные эскадрильи. Формирование СЛИ БА совпало с перебазированием Института из Чкаловской в Ахтубинск. 4 февраля 1961 г. начался перегон самолетов. Первыми в Ахтубинск перебазировали бомбардировщики Як-28, Ту-16, Ту-95. Перебазирование продолжалось в феврале – апреле, а комплектование Управления завершили только к концу 1960 г. В 1960-1963 г.г. личным составом СЛИ БА было проведено большое количество испытательных работ на самолетах Ил-28, Як-28, Ту-16, Ту-104, Ту-95, Ту-114, Ан-10, Ил-18, М4, ЗМ, Ту-22 и их модификаций. В этот же период выполнялись НИР по расширению боевых и эксплуатационных возможностей самолета Ту-16, по выявлению особенностей поведения Ту-16 на критических режимах и в особых случаях в полете. Результатами НИР стало выявление слабых мест в конструкции самолета, выдача рекомендаций промышленности по их устранению, а в войска – методик
выполнения полетов. В испытания Ту-16 большой вклад внесли летчики Е.А. Климов, В.К. Бобриков, Э.В. Голенкин, Н.Н. Беляев, С.Г. Дедух, А.Г. Балонин, В.И. Кузнецов, Г.Г. Неверов, И.К. Ведерников, Ю.В. Сухов; штурманы Р.Н. Семеновских, Б.Е. Калиновский, Н.И. Савин, С.В. Изюмов, Н.С. Зацепа, В.П. Житник, ВФ. Романов; воздушные стрелки- радисты М.С. Новичков, Р.Х. Авдеев, В.П. Петриков, B.C. Попов, В.Г. Хабаров, В.А. Наумов, В.Н. Смолин. В 1960 г. проводились испытания самолета ЗМД с двигателями ВД-7Б, который отличался от ЗМ аэродинамической компоновкой, улучшающей устойчивость и управляемость самолета на больших углах атаки. Эти испытания выполняли летчики Н.Н. Беляев, Ю.В. Сухов; штурманы Р.Н. Семеновских, В.А. Мезенцев, B.C. Головин, А.Н. Ядрышников, Б.Е. Калиновский, М.С. Богданов; воздушные стрелки В.И. Спирин, А.И. Шичков, В.А. Наумов, В.Н. Смолин. В 1963 – 1964 г.г. проводились Государственные испытания самолета-заправщика ЗМН-П, предназначенного для дозаправки самолетов Ту-95К, и самолета-заправщика ЗМР-П с комплексом нового радиотехнического оборудования. Большой вклад в испытания и освоение систем дозаправки в воздухе на самолетах М-4 и ЗМ внесли летчики А.Б. Сарыгин, С.М. Антонов, Н.Н. Беляев, B.C. Кипелкин, В.К. Бобриков, Ю.В. Сухов; штурманы Н.И. Савин, Н.К. Полетев, Р.Н. Семеновских; инженеры М.Г. Кононов, И.А. Бунеев, И.И. Свириденко. Летчиками С.Г. Дедух, Л.М. Кунгуровым, Б.А. Широковым, В.Ф. Ивановым, В.И. Кочергиным, штурманами И.Е. Майборода, B.C. Федоровым, В.П. Кулаковым, А.Н. Ядрышниковым, бортинженером А.Г. Титовым проведены испытания на боевое применение самолетов Ту- 95КМ и ЗМ на малых высотах в условиях противодействия средств ПВО.