Наряду с потерями в катастрофах, имела место и «естественная убыль» – списание «Нимродов» из- за коррозии планера. Первые четыре машины были списаны по этой причине 1 октября 1992 г.
В 1999 г. «Нимроды» вновь появились над Балканами – разведчики 51-й АЭ привлекались к операции «Эллайд форс» против Югославии.
В октябре-декабре 2001 г. один «Нимрод» R.1 участвовал в операции «Веритас» – вторжении в Афганистан. Самолет действовал с авиабазы Сиб в Омане.
Относительно большое число «Нимродов» (шесть MR.2 и один R. 1) задействовали в начале 2003 г. в операции «Телик» – вторжении в Ирак. Самолеты базировались на аэродромах Принц Султан (Саудовская Аравия) и Сиб (Оман). Разведчик использовался для подавления иракской ПВО. Противолодочники же, получив новые оптоэлектронные головки «Уэскам», вели разведку наземных целей.
К началу 2005 г. Королевские ВВС эксплуатировали 21 «Нимрод» MR.2. Но в связи с финансовыми ограничениями 1 апреля 2005 г. была расформирована 206-я АЭ, что привело к сокращению парка самолетов базовой патрульной авиации до 16 единиц. Одновременно с 31 до 22 сократили и количество экипажей «Нимродов».
В последние годы «Нимроды» действовали не только над морем, но и над сушей, прежде всего, над Афганистаном. Мощное разведывательное оборудование позволяло эффективно вскрывать наземные цели. Не обошлось, увы, без потерь – 2 сентября 2006 г., ровно 11 лет спустя после гибели борта XV239, над Афганистаном в районе Кандагара разбился борт XV230. Погибли все 14 человек, находящихся на его борту, что стало самой большой суточной потерей среди военнослужащих Соединенного Королевства со времен фолклендского конфликта. Причиной случившегося была признана неисправность топливной системы. А 5 ноября 2007 г. едва не погиб борт XV235 – при дозаправке в воздухе началась утечка топлива, что грозило взрывом. К счастью, машину удалось благополучно посадить, но после этого выполнение дозаправки в воздухе для всех «Нимродов» было запрещено.
К началу 90-х гг. все более очевидной становилась необходимость замены в недалеком будущем «Нимродов» новыми самолетами. В ноябре 1992-го командование Королевских ВВС выпустило документ SR(A)420, определявший требования к новому самолету. Запрос предложений был направлен в общей сложности семнадцати фирмам, четыре из них «вышли в финал» – тендерную стадию отбора, начавшуюся в январе 1995 г. Характерно, что ни один «финалист» не предложил по-настоящему новой конструкции. Французская фирма «Дассо» представила изрядно обновленный «Атлантик». Американский концерн «Локхид» и консорциум «Лорал/Маршалл» предложили «вариации на тему» «Ориона»: соответственно вновь построенные самолеты «Орион» 2000 либо капитально модернизированные машины из американских запасников под громким названием «Валькирия». Наконец, «Бритиш Аэроспейс» представила проект «Нимрод» 2000, 24 июля 1996 г. объявленный победителем.
В декабре того же года был подписан контракт стоимостью 2,4 млрд. фунтов, предусматривавший поставку 21 самолета, создание наземного тренировочного комплекса и техническое обеспечение самолетов. Поставки должны были начаться в 2001 г. и быть реализованы в течение пяти лет.
Вскоре после подписания контракта новому варианту «Нимрода» присвоили обозначение MRA.4 (MRA – Maritime Reconnaissance Attack, т.е. морской разведывательно-ударный), подчеркивавшие «смещение акцента» с патрульно-раз- ведывательных миссий на разведывательно-ударные.
Хотя формально MRA.4 считался модернизированным вариантом модификации MR.2, от предшественника он унаследовал не более 20 % конструкции: герметичную кабину, бомбоотсек и хвостовое оперение. Полностью переконструировался центроплан, чтобы разместить новые двигатели – ТРДД «Роллс-Ройс» BR710, отличающиеся низким расходом топлива. Увеличение размаха крыла с 35 до 38,71 м (площадь при этом возросла на 23 %) позволило увеличить емкость топливных баков. Благодаря этим новшествам, расчетная дальность полета без дозаправки возросла до 11 100 км.
С учетом новых ударных задач количество подкрыльных пилонов увеличили до четырех. В ассортимент управляемого вооружения вошли противорадиолокационные ракеты ALARM и HARM, противокорабельные «Гарпун», а также УР класса «воздух-земля» SLAM-ER и ракеты «воздух-воздух» «Сайдвиндер» и ASRAAM. Самолет получит полностью новые гидравлическую, электрическую, кислородную и топливную системы, а также вспомогательную силовую установку (ВСУ). Все указанные усовершенствования привели к возрастанию взлетного веса до 105 600 кг, что, в свою очередь, вынудило спроектировать новое усиленное шасси.