Тем временем Технический департамент запросил возможность установки на Me 209 двигателя Jumo-213, как на Fw 190D. Это заставило переделать всю носовую часть фюзеляжа, ибо новый двигатель имел большие поперечные размеры. Впрочем, необходимые доработки были сделаны уже к концу ноября. В следующем месяце началась работа над вторым опытным самолетом – Me 209V6. Он был закончен в апреле 1944 года. Самолет получил двигатель Jumo-213E-I взлетной мощностью 1750 л.с. И был оснащен системой форсирования GM-1 (емкость бака 120 л) и имел запас топлива 540 л. С использованием GM-1 мощность двигателя на высоте 10 000 м поднималась с 1275 л.с. до 1690 л.с. На нем уже было установлено вооружение: две консольные 30-мм пушки МК-108 с 70 снарядами на ствол и две 20- мм пушки MG-151 с 250 снарядами на ствол, размещенные в корне крыла.
Для серии министерству авиации были предложены два варианта самолета: Me 209А-1 с двигателем DB-603G и Me 209А-2 с Jumo-213E, а также несколько подтипов, различавшихся вооружением.
Тип – одноместный истребитель
Двигатель – один DB-603C (Jumo- 213Е); 12-цилиндровый жидкостного охлаждения, взлетной мощностью 1900 (1750) л.с. и 1560 (1320) л.с. на высоте 7400 (10 000) м
Вооружение: 1x30 мм пушка МК-108 (70 снарядов), 2x20 мм пушки MG- 151 (250 снарядов на ствол).
Максимальная скорость на 6000 м: 665 (655) км/ч в нормальном режиме работы двигателя, 740 (735) км/ч на форсаже.
Потолок рабочий: 12 000 (13 000) м
Вес: пустого – 3340 (3480) кг, взлетный -4090 (4200) кг.
Размеры: размах крыла – 10,95 м, длина – 9,75 (9,6) м, высота 4 (3,55) м.
Площадь крыла: 17,2 м^2 .
Однако, несмотря на отличные характеристики самолета, предпочтение военных было отдано истребителю Курта Танка Та-152. Говорят, Вилли Мессершмитт не мог скрыть обиды и настаивал на том, чтобы решение было принято после программы совместных испытаний двух самолетов. Но в 1944 году на это уже никто не отреагировал. Многие, в том числе и сам Мессершмитт, подозревали, что это происки начальника технического управления министерства авиации Эрхарда Мильха, питавшего к Мессершмитту личную неприязнь. Дело в том, что еще в начале 30-х годов имели место катастрофы пассажирских самолетов М-20, спроектированных Мессершмиттом. Самолеты эти эксплуатировались в авиакомпании «Люфтганза», директором которой тогда являлся Мильх. После этого Мильх, даже перейдя в министерство авиации, питал глубокую неприязнь ко всем конструкциям баварского авиазавода. Впрочем, серьезно относиться к тому, что эта история хоть как-то связана с провалом программы Me 209, не следует. Назревал крах Германии. Me 209, как и Me 309, не могли спасти положения дел. Никто в Германии в разгар войны не рискнул бы останавливать налаженное массовое производство истребителей ради нового, пусть даже более совершенного самолета, коим Мессершмитт считал свой Me 209. А вот Курт Танк сделал более правильный ход. Его Та 152 мог практически безболезненно сменить на конвейере Fw 190. Фактически так и произошло с «промежуточным» типом Fw 190D. В этот самолет, созданный на несколько лет позже, чем Bf 109, был заложен больший модернизационный потенциал. Благодаря этому улучшение летно-технических характеристик достигалось более простыми, но достаточно эффективными мерами. Что касается Bf 109, то к тому времени этот истребитель свой модернизационный потенциал полностью исчерпал. Поэтому новый самолет никоим образом не мог быть выполнен на его базе. Вот почему Me 209, несмотря на внешнюю схожесть со своим предшественником, имел очень сильные конструктивные отличия от Bf 109. И одной только установкой нового двигателя, как это произошло на Fw 190, здесь дело бы не ограничилось. Поддержали это решение и военные летчики. Так, генерал-инспектор истребительной авиации Адольф Галланд, полетав на реактивном Me 262, тут же дал рекомендацию Мильху оставить в производстве только один поршневой одномоторный истребитель, а все освободившиеся ресурсы направить на производство Me 262. Причем Галланд настаивал на сохранении в производстве именно самолета Fw 190.
Говоря о Me 209, стоит упомянуть еще об одном его варианте. Это был проект сверхвысотного истребителя, появившийся еще в апреле 1943 года. Он предусматривал вставку в крыло Me 209 прямоугольной секции, увеличивавшей размах до 13,25 м. Детальная проработка проекта была закончена в октябре 1943 г. Вскоре началась сборка первого опытного самолета Me 209Н VI, но она шла медленно, а во время воздушного налета в феврале 1944 года частично готовый самолет был поврежден. Он был выведен из цеха только в июне 1944 года. К этому времени вся программа была официально прекращена. Каких-либо данных об испытаниях единственного высотного истребителя Me 209 нет.