Но были у МиГа и более существенные недостатки, отрицательно сказавшиеся на его боеспособности. К ним относят сложность в управлении истребителем, а также невозможность открыть фонарь на скорости свыше 500 км/ч при недостаточной надежности аварийного механизма его сбрасывания, что заставляло пилотов летать с открытым фонарем и снижало скорость, в зависимости от высоты, на 18–27 км/ч. Серьезной проблемой МиГа была плохая приемистость (особенно на первых сериях) двигателя при даче газа из-за ненадежности электромеханического механизма управления входными направляющими лопатками нагнетателя, а также недостаточная прочность крыльчатки нагнетателя. На больших высотах приемистость двигателя АМ-35А так же была неудовлетворительной из-за наблюдавшегося помпажа в нагнетателе и резкого снижения давления масла. Правда, впоследствии приемистость двигателя АМ-35А была значительно улучшена благодаря новому механическому приводу лопаток Поликовского и устранению пресловутого помпажа, но полностью решить проблему плохой приемистости двигателя АМ-35А, особенно на больших высотах, из-за начавшейся войны не удалось. В результате, МиГ требовал от пилотов плавного управления ручкой и сектором газа, что предъявляло дополнительные требования к пилотажным навыкам летчиков. Возможно, частые проблемы с двигателем были связаны еще и со сложностью его обслуживания. Так, технический персонал авиачастей часто не справлялся с той исключительно тщательной регулировкой, которую требовал двигатель АМ-35А, что сказывалось как на его мощности, так и на надежности.
С другой стороны и у «Мессера» была своя ахиллесова пята — плохая живучесть водяной системы охлаждения двигателя, ведь водорадиаторы Bf 109 находились в крыльях, что делало истребитель очень уязвимым. Практически любое повреждение системы охлаждения означало выход самолета из строя. Поэтому немцам пришлось срочно ставить отсечные краны на трубопроводы, чтобы можно было выключить поврежденный водорадиатор из контура системы охлаждения. У МиГа водорадиатор находился в более защищенном месте — под кабиной пилота. Впрочем, повреждение двигателя было смертельным для обоих этих истребителей.