Следует отметить, что обстановка недоверия и подозрительности вокруг руководителя отдела нагнеталась давно. И пресловутых доносов на него также хватало. Известно, что еще в конце 1927 г. начальник ВВС П.И. Баранов делал запрос в ГПУ по поводу ареста Григоровича и Поликарпова как «врагов народа». В ГПУ, тем не менее, ответили, что для ареста не видят достаточных оснований. Тогда Баранов вызвал помощника начальника НИИ ВВС Е.К. Стомана и дал указание провести строго конфиденциальную работу, цель которой – доказать, что деятельность Григоровича и Поликарпова наносит вред государству. В мае 1928 г. Стоман представил письменный отчет Баранову, в котором излагалась история создания истребителей И-1 (ИЛ-400) и И-2, в целом, как известно, не очень удачная. Далее был сделан вывод о «вредительской» работе этих двух конструкторов, а подготовленный отчет Баранов направил в ГПУ.
1 сентября 1928 г. Григорович был арестован в своем рабочем кабинете и помещен в Бутырскую тюрьму.
Автор не располагает подробной хронологией арестов авиационных инженеров в конце 1920-х годов, однако предполагает, что Дмитрий Павлович Григорович стал первым таким специалистом, угодившим в тюремную камеру. Скоро его судьбу разделили Н.Н. Поликарпов, В.М. Ольховский, И.М. Косткин, В.Л. Корвин, А.В. Надашкевич, Н.Г. Михельсон и многие другие. В основном этим лицам вменялось в вину принадлежность к организации, члены которой вредили строительству социалистического общества.
Иногда дело принимало трагикомичный оборот. Е.И. Майоранова, конструктора ОПО, не арестовали, но уволили с работы.
Все попытки устроиться куда-либо не удавались: узнав, что он из конструкторского бюро, где арестована большая часть сотрудников, перед ним просто закрывали двери. Тогда Майоранов стал писать в «органы» и требовать арестовать его, указывал при этом, что он самый главный «вредитель» и т.д. Его действительно арестовали и дали небольшой срок (около месяца) «за хулиганство».
Со временем органы ГПУ озаботились судьбой арестованных инженеров – их решили собрать вместе в «шарагах»-тюремных конструкторских бюро, где арестантам предстояло оправдать себя продуктивным и успешным трудом. Наиболее известная из «шараг» – ЦКБ-39 – была организована Экономическим отделом ОГПУ в конце 1929 – начале 1930 г. Поначалу она находилась во внутренних корпусах Бутырской тюрьмы (отсюда название Внутренняя тюрьма – ВТ) как Особое конструкторское бюро (ОКБ), а с переводом на авиазавод №39 стала именоваться ЦКБ-39. Сам завод до июля 1929 г. входил в систему ремонтных предприятий Промвоздух, затем его передали Авиатресту, а в начале 1930 г. завод № 39 оказался в ведении ОГПУ. Чуть позднее он даже получил дополнительное наименование во славу председателя ОГПУ и стал называться заводом имени Менжинского.
Современник и очевидец событий описываемого периода авиаконструктор В.Б. Шавров вспоминал: «ГПУ, посадившее множество инженерно-технических работников старшего поколения, решило взять на себя опытное строительство самолетов. Мол, при таком положении вредительства не будет.