Увеличение запаса топлива позволило несколько увеличить дальность полета бомбардировщика, которая к настоящему времени (по многочисленным неофициальным публикациям) составляет 11000 км с нормальной боевой нагрузкой. Впрочем, с учетом опыта реального боевого применения самолета В-2А, эти данные также вызывают некоторые сомнения (сообщалось, что при выполнении крейсерского полета на оптимальной высоте самолет В-2А должен дозаправляться в воздухе через каждые шесть часов, принимая от танкера до 50 т топлива за одну дозаправку). Более реалистическая оценка практической дальности бомбардировщика на большой/средней высоте (также приводящаяся с неофициальных публикаций) — 10500-10000 км («пессимистический» вариант — 9500 км). В этой связи уместно привести высказывание одного из летчиков «Спирита», который в ответ на вопрос, чего же еще не хватает этому выдающемуся самолету, ответил — «Дальности»…
Опыт эксплуатации и первого боевого применения самолетов В-2А потребовал проведения ряда доработок бортовых радиоэлектронных систем. Так, характеристики установленной на самолете системы РЭБ AN/APR-50 далеко не в полной мере удовлетворяли военно-воздушные силы. В докладе, подготовленном конгрессом США по итогам боевого применения самолетов В-2А в Югославии (24 марта — 10 июня 1999 г.) отмечалось, что в ряде случаев система РЭБ «либо неправильно определяла угрозу, либо не обеспечивала точное определение ее (угрозы) местонахождения». В результате ВВС США в оперативном порядке была реализована программа последовательного повышения характеристик системы РЭБ.
Недостатки, отмеченные в ходе войны на Балканах 1999 г., планировалось поэтапно устранять в процессе совершенствования авиационного комплекса В-2А. Программа модернизации, рассчитанная на 10 лет, стартовала в 1999 г., вскоре после завершения боевых действий. Предполагалось, что в ходе ее реализации, к концу первого десятилетия XXI века, боевая эффективность «Спирита» вырастет в пять раз.
На первом этапе программы модернизации (совмещенном с доработкой всего парка «Спиритов» до уровня В-2А Block 30) на бомбардировщиках, начиная с 2001 г., стала монтироваться система бомбодержателей SBRA (Smart Bomb Rack Assembly), которая обеспечивала возможность загрузки в самолет 80 225-килограммовых КАБ AGM-38 JDAM (не получивших, впрочем, широкого распространения) или обычных свободнопадающих авиабомб аналогичного калибра. Стоимость этого этапа модернизации составила 131 млн. долл. Именно в такой конфигурации В-2А вступили в «войну против сил мирового терроризма».
После окончания боевых действий в Ираке (2002 г.) началась замена на всех бомбардировщиках «Спирит» радиопоглощающих покрытий на новые, более удобные в эксплуатации и обслуживании. Это позволило заметно упростить межполетное обслуживание самолетов В-2А и повысить боеготовность группировки этих бомбардировщиков.
В процессе первого этапа модернизации была внедрена программа диагностики состояния РПМ и величины ЭПР самолета. Тогда же бомбардировщики получили и новое остекление кабины с золоченым покрытием, препятствующим проникновению излучения внутрь (как ни странно, ранее подобного покрытия, внедренного на самолетах тактической авиации США еще в 1990-е гг., и на остеклении «сверхмалозаметных» В-2А не имелось).
В 2004 году в состав комплекса вооружения самолета В-2А были включены управляемые планирующие авиабомбы Рэйтеон AGM-154 JSOW с раскладным крылом большого удлинения и инерциально-спутниковым наведением. Масса этих боеприпасов, в зависимости от снаряжения, может составлять 475–680 кг. Бомба, при сбросе ее со средних и больших высот, может планировать к цели на дальность до 60–65 км.
Разработка УПАБ AGM-154 началась в 1992 г. и ориентировалась сначала на самолеты тактической авиации. В декабре 1995 г. были осуществлены первые летные испытания нового оружия. Однако в дальнейшем, после успешного применения JSOW в ряде локальных конфликтах, было решено вооружить ими и тяжелые бомбардировщики В-2А, а также В-52Н и В-1 В.
Планирующая авиабомба, выполненная по технологии steals, имеет различное боевое снаряжение (как моноблочное, так и кассетное). Для наведения AGM-154 JSOW используются сигналы космической радионавигационной системы (GPS). Каждый бомбардировщик В-2А может, теоретически, нести до 16 УПАБ AGM-154.