Армия была создана в августе 1980 г. на базе 6-го отдельного тяжелобомбардировочного корпуса. Штаб 46-й ВА находился в Смоленске. Армия расформирована в октябре 1994 г.
Командовал армией с августа 1987 г. по декабрь 1992 г. генерал-лейтенант авиации Б.А. Константинов.
46-я воздушная армия имела в своем составе девять тбап, летавших на Ту-22М, Ту-22 и эксплуатировавших в небольшом количестве Ту-16. Парк Ту-22 (около 100 машин) и Ту-22М (110) был наибольшим в ДА.
46-й ВА также придавался отап и целых два одрап, но зато не было апсз, учитывая ограничения, наложенные международными договорами на Ту-22М. Части армии базировались на территории пяти ВО: КВО, БелВО, ПрибВО, МВО и ЛенВО и четырех республик СССР - РСФСР, Украины, Белоруссии и Литвы.
В состав армии входили 4 авиационных дивизии:13-я гвардейская тяжелая бомбардировочная Днепропетровско-Будапештская ордена Суворова авиационная дивизия (Полтава), 15-я гвардейская тяжелая бомбардировочная Гомельская авиационная дивизия (Житомир), 22-я гвардейская тяжелая бомбардировочная Донбасская Краснознаменная авиационная дивизия (Бобруйск) и 326-я тяжелая бомбардировочная Тарнопольская ордена Кутузова авиационная дивизия (Тарту). Правда, в состав 13-й гтбад входил всего один полк.
Стоит также отметить, что до 1986 г. в составе 46-й ВА имелся еще один полк - 226 оап РЭБ (Полтава, Ту-16П), но его сократили.
В 1955 г. сформировали и командование ВТА, также разместив его в Москве. Командовал им с 1986 г. по 1997 г. генерал-полковник В.В. Ефанов.
По состоянию на 1990 г. в составе ВТА имелось 5 военно-транспортных дивизий (втад) (16 втап), 4 военно-транспортных авиационных полка непосредственного подчинения и 610-й ЦБП и ПЛС (Иваново).
Полное наименования дивизий следующее: 3-я гвардейская военно-транспортная Смоленская орденов Суворова и Кутузова авиационная дивизия, 6-я гвардейская военно-транспортная Запорожская дважды Краснознаменная орденов Суворова и Богдана Хмельницкого авиационная дивизия, 7-я военнотранспортная авиационная дивизия, 12-я военно-транспортная Мгинская Краснознаменная авиационная дивизия и 18-я гвардейская военно-транспортная Таганрогская Краснознаменная орденов Суворова и Кутузова авиационная дивизия.
3 гвтад | 110 | втап | Кречевицы (Новгород) | РСФСР | Ил-76 | - |
3 гвтад | 334 | втап | Псков(Кресты) | РСФСР | Ил-76 | - |
3 гвтад | 339 | втап | Витебск (Северный) | Белоруссия | Ил-76 | Ан-12 |
6 гвтад | 37 | втап | Арциз | Украина | Ил-76 | - |
6 гвтад | 338 | втап | Запорожье (Мокрая) | Украина | Ил-76 | - |
6 гвтад | 363 | втап | Кривой Рог (Долгинцево) | Украина | Ил-76 | Ан-12 |
7 втад | 25 | гвтап | Мелитополь | Украина | Ил-76 | Ан-12 |
7 втад | 175 | втап | Мелитополь | Украина | Ил-76 | - |
7 втад | 369 | втап | Джанкой | Украина | Ил-76 | - |
12 гвтад | 8 | втап | Тверь (Мигалово) | РСФСР | Ан-22 | Ан-12 |
12 гвтад | 81 | втап | Иваново(Северный) | РСФСР | Ан-22 | Ан-12 |
12 гвтад | 235 | втап | Сеща | РСФСР | Ан-124 | Ил-76 |
12 гвтад | 566 | втап | Сеща | РСФСР | Ан-124 | Ил-76 |
18 гвтад | 117 | оап РЭБ | Шауляй | Литва | Ан-12ПП | - |
18 гвтад | 128 | гвтап | Паневежес | Литва | Ил-76 | Ан-12 |
18 гвтад | 196 | втап | Тарту | Литва | Ил-76 | - |
18 гвтад | 600 | втап | Кедайняй | Литва | Ил-76 | - |
- | 192 | гвтап | Укурей | РСФСР | Ил-76 | - |
- | 194 | гвтап | Фергана | Узбекистан | Ан-12 | - |
- | 708 | гвтап | Кировабад | Азербайджан | Ил-76 | - |
- | 930 | втап | Завитинск | РСФСР | Ан-12 | - |
Кроме того, по 2-3 Ан-12 летали в так называемых отрядах управления, придававшимся управлениям ВТАД и полкам на Ан-22. По нескольку Ил-76 имелись в составе полков на Ан-124, обеспечивая их техническое сопровождение.
Штаб 3-й ГВТАД размещался в Витебске, 6-й гвтад - в Кривом Роге, 7-й втад - в Мелитополе, 12-й втад - в Калинине, затем переименованном в Тверь, 18-й гвтад - в Паневежисе. При этом четыре втад были на Ил-76 (в 18-й втад имелся еще и оап рэб), а в 12-й гвтад по два полка летали на Ан-22 и Ан-124.