Машины первых серий, несмотря на принятые меры, все же имели склонность к раскачке по тангажу. Как свидетельствует В.П . Борисов, ведущий летчик-испытатель в ОКБ по Ту-22 с конца 1960 г. по 1968 г., причина этого явления состояла в следующем. С ростом скорости полета под действием скоростного напора крыло закручивалось, и угол атаки его концевых сечений уменьшался. Равнодействующая подъемной силы перемещалась вперед, уменьшая запас статической устойчивости, и самолет становился «нейтральным» по тангажу. Проблему решили, установив в систему продольного управления демпфер - автоматическое устройство гашения колебаний путем соответствующих отклонений органов управления. Установили также и автомат балансировки, облегчающий пилотирование бомбардировщика на трансзвуковых режимах полета.
Однако система управления все еще требовала совершенствования. В одном из испытательных полетов Борисову была поставлена задача определить достаточность мощности бустера стабилизатора для нормального управления на больших скоростях. Ему предписывалось на высоте 4500 м при приборной скорости 1050 км/ч (что соответствовало М=0,89) резко отклонить ЦПГО на 3° и вернуть его в исходное положение как можно быстрее. При выполнении этой операции самолет успел достигнуть 80% разрушающей перегрузки. Для предотвращения подобного было решено догружать штурвал усилием в 25-27 кгс, установив автомат дополнительных усилий, включающийся в работу при определенном перемещении штурвала.
Разработчики полагали, что подключать этот автомат на виражах и разворотах не целесообразно, так как расходы штурвала на таких режимах значительно больше, чем в прямолинейном полете. Борисов высказал сомнение в этом и настоял на проведении контрольного полета. Он вспоминает: «На скорости 800 км/ч я энергично ввел самолет в вираж с креном 60°. При этом резко до +2,8д возросла вертикальная перегрузка. Для предотвращения ее дальнейшего роста штурвал был отдан от себя. Перегрузка мгновенно стала отрицательной, дойдя до -1,7д. Штурвал вновь был взят на себя, и перегрузка выросла до +4д. (Уже на земле, по данным самописцев, выяснилось, что действия летчика для предотвращения роста перегрузки наступали через 0,3 сек после изменения знака угловой скорости по тангажу.) Стало ясно, что началась прогрессирующая раскачка, и на следующем качке самолет разрушится». Борисов нашел единственно правильный выход, установив штурвал в нейтральное положение. Раскачка быстро прекратилась. В дальнейшем дополнительный пружинный загружатель не отключался при выполнении виражей и разворотов. Но этого оказалось недостаточно, и в систему продольного управления ввели гидравлический ограничитель, который не позволял резко отклонять штурвал.
Параллельно отрабатывался канал управления по крену. На больших скоростях полета закручивание концевых частей крыла Ту-22 приводило к реверсу элеронов. Это вынудило ввести ограничение максимальной скорости полета числом М=1,4. Для снятия ограничения ОКБ разработало элерон-закрылки. Теперь внешние секции закрылков на дозвуке играли свою основную функцию, а на сверхзвуке служили элеронами, штатные элероны при этом блокировались. Ту-22 с элерон-закрылками стали серийно выпускать с 1965 г. Однако в строевых частях еще довольно долго эксплуатировались самолеты, не имевшие этого новшества.
В конце 50-х гг. стало ясно, что боевой самолет, вооруженный лишь свободнопадающими бомбами, не будет обладать достаточной эффективностью. Поэтому выпушенные малой серией Ту-22Б так и не были приняты на вооружение. Они применялись, в основном, для испытаний и обучения техсостава. Один Ту-22Б сейчас находится в экспозиции музея в Монино.
Значительно повысить боевые возможности «двадцать второго» позволила сверхзвуковая крылатая ракета Х-22[* Первоначальное наименование К-22. Имела следующие основные параметры: длина 11,6 м, размах 3 м, стартовая масса около 6000 кг, масса боевой части 1000 кг. В зависимости от траектории полета дальность пуска Х-22 составляла от 150 до 500 км при скорости полета до 4000 км/ч.]. Разработка носителя для нее, получившего обозначение Ту-22К, началась в 1958 г. В мае 1960 г. появился его макет, а в начале 1961 г. был построен первый летный экземпляр (заводской номер 5060045). 6 июля этот самолет с макетом Х-22 под фюзеляжем принял участие в параде над Тушино.