Процесс замены Су-9 на новую мат-часть начался с конца 60-х гг., когда на Ту-128 были перевооружены три полка 14-й армии ПВО (Новосибирск). Чуть позже в ряде полков Су-9 заменили на МиГ-25П и Су-15, при этом высвобождавшиеся машины передавались в остальные полки для восполнения естественной убыли. Со второй половины 70-х гг. началось массовое списание Су-9 по ресурсу, при этом полки перевооружались на МиГ-23М. Это совпало с очередной реформой Войск ПВО, по которой большинство истребительных авиаполков из состава отдельных армий ПВО были переданы в ВВС соответствующих округов. Су-9 считался уже морально устаревшим, его решено было снять с вооружения, а за компанию пошел и более молодой Су-11. В 1981 г. последние полки на Су-9 были ударными темпами перевооружены на МиГ-23МЛ и МиГ-23П. Оставшиеся Су-9 и Су-11 перегнали на базы хранения во Ржеве и Куйбышеве, где большинство из них благополучно догнило. Часть машин использовалась в качестве мишеней на полигонах, а часть – в качестве учебных пособий, в том числе в Иркутском ВАТУ, Даугавпилском (бывшем Двинском) ВАРТУ, в ШМАС в Солнцево (Москва) и т.д. Поколения прилежных курсантов, обучаясь своему ремеслу, умело заделывали на них дырки, проделанные ломиком преподавателя в самых изысканных местах. В качестве музейных экспонатов остались лишь два Су-9: в Монино и на Ходынке (последний просто в ужасном состоянии) и один Су-11 в Монинском музее. Кроме того, один Су-9 стоит на территории НАПО им. В.П.Чкалова (как теперь официально называется завод №153), и просто неподдающееся подсчету число самолетов установлено в качестве памятников и сооружений прикладного назначения в бывших пионерлагерях. Как говорили великие, так проходит слава земная. Так завершился жизненный путь первого советского авиационного комплекса перехвата, более 20 лет состоявшего на вооружении.
Экипаж – один человек.