Несмотря на принятие на вооружение, польские ВВС полностью не были удовлетворены характеристиками Lim-5. И военные, и конструкторы считали, что требуется применить более эффективную механизацию крыла и цельноповоротный стаби-лизатор, улучшить аэродинамику, увеличить тягу двигателя, оснастить самолет второй парой подвесных баков и неуправляемыми ракетами. Для улучшения обзора кабину пилота следовало сдвинуть вперед и применить боковые воздухозаборники. Однако заниматься этим предстояло конструкторскому коллективу, который вначале насчитывал всего четыре человека. Понятно, что с реализацией идей возникли проблемы. И вот два молодых инженера отправились в Москву в ОКБ-155, где рассказали про свои попытки разработать для Lim-5 цельноповоротное ГО. Их спросили: «Сколько человек у вас занимается этим вопросом?» «Сорок!» – не моргнув, слукавили поляки, иначе их просто не стали бы слушать. Но даже этого специалистам Микояна показалось слишком мало, и польская инициатива в Москве поддержку не получила.
Тем не менее энтузиазм у инженеров из Мель-ца не пропал, и они начали совершенствовать Lim-5. Так, в 1958 г. под руководством Ф. Бородзика был разработан проект самолета CM-I, который отличался от серийного истребителя возможностью установки двух стартовых ускорителей SR с тягой по 1000 кгс, и наличием на месте подфюзе-ляжного гребня контейнера для тормозного парашюта SH-19. Практически одновременно с самолетом CM-I был разработан его вариант СМ-П, который предназначался прежде всего для непосредственной поддержки сухопутных войск. Чтобы расширить возможности базирования на грунтовых аэродромах, основные опоры шасси этой машины решили оснастить сдвоенными колесами. Кроме того, снаружи корневой части крыла разместили металлические топливные баки, которые являлись также обтекателями сдвоенных колес в убранном положении. Это позволило увеличить эксплуатационную емкость топливной системы на 513 л. Впоследствии эти баки-обтекатели пилоты прозвали «шарфами» или «воротниками».
СМ-И был получен путем переделки Lim-5 №1С 10-30. Кроме указанных выше изменений, в машину внесли и некоторые другие. В частности, антенны радиовысотомера РВ-2 перенесли с крыла на нижнюю поверхность фюзеляжа и закрыли обтекателями. 2 июля 1959 г. машина поступила на испытания, которые проводились в Поморском военном округе. В отчете по их результатам отмечалось, что «… шасси выдержало экзамен и может быть допущено к эксплуатации,… применение сдвоенных колес позволяет полностью отказаться от эксплуатации самолетов данного типа на бетонных и асфальтовых аэродромах».
По результатам летных испытаний конструкцию СМ-П доработали, и с 1960 г. внедрили в серийное производство, где он получил обозначение Lim-5M (заводской шифр «1F»), 30 ноября со стапелей в Мельце сошел первый серийный модернизированный истребитель (заводской № 1F 01-01). Все Lim-5M оснащались баками-обтекателями с обшивкой из толстостенного пластика, которые имели общую емкость 475 л. Под крылом можно было подвешивать два 8-, 15- или 24-зарядных блока НАР типа С-5. Согласно инструкции по эксплуатации длина разбега с применением форсажа составляла 710-770 м (в зависимости от покрытия ВПП), а при включении стартовых ускорителей сокращалась до 350-370 м. Пробег составлял 1140 м, а при использовании тормозного парашюта – не более 670 м.
Lim-5M стали поступать в части ВВС и авиации ВМФ Польши, где встретили весьма прохладное отношение. ЛТХ самолета существенно ухудшились из-за возросшей полетной массы и дополнительного аэродинамического сопротивления баков-обтекателей. Главное – расход горючего увеличился, из-за чего радиус действия самолета так и не возрос. К тому же выработка топлива из дополнительных емкостей влияла на центровку машины. Поэтому 10 мая 1961 г. после выпуска 60-го экземпляра производство Lim-5M свернули.
На базе Lim-5M разрабатывались несколько модификаций, однако они остались только на бумаге. Так, в июне 1960 г. был подготовлен проект фоторазведчика Lim-5MR, который имел три варианта целевого оборудования. На законцовках крыла предполагалось установить контейнеры для фотокамер АФА-39 или АФА-БА-40Р, или АФА-БАФ-21С и АФПН-21, при этом размах крыла увеличивался до 10,58 м.
Во время серийного производства Lim-5M на летающей лаборатории СМ 16-01 отрабатывались решения по улучшению самолета. Для повышения эффективности торможения в основании киля установили систему с двумя размещенными рядом контейнерами тормозных парашютов, которые выпускались одновременно, правый – на длинном фале, левый – на коротком. Программу испытаний самолета в такой конфигурации провели в 1960 г. В октябре на первом прототипе Lim-5M испытали одноку-польную тормозную систему, установленную аналогичным образом. Впоследствии именно такое решение было внедрено на очередной модификации машины.