Доработка фактически превратилась в создание нового самолета, совместившего черты туполевских проектов и МДР-3, от которого сохранились лишь общие обводы лодки. Самолет стал трехмоторным, со свободнонесущим крылом и однокилевым оперением. Расчеты выполнялись под высотные двигатели М-34РН, с которыми ожидалось достичь максимальной скорости 240 км/ч. Левую и правую мотоустановки разнесли по краям центроплана, что должно было улучшить маневренность на воде. Высоко поднятый стабилизатор расположили в плоскости осей воздушных винтов, рассчитывая на то, что улучшение обдувки оперения избавит от тряски. По сравнению с МДР-3 площадь крыла увеличили на 25 м2. Это на 10% снизило удельную нагрузку на него и должно было повысить скороподъемность и потолок. «Стабилирон» больше не требовался, поскольку сам стабилизатор выполнили с изменяемым в полете углом установки. Новое крыло состояло из трехлонжеронного центроплана с дюралевой обшивкой и консолей, обтянутых полотном, что было совершенно не типично для самолетов Туполева. Концы отъемных частей крыла представляли собой съемные водонепроницаемые отсеки. АНТ-27 проектировался в трех вариантах: дальний разведчик, тяжелый бомбардировщик и пассажирский самолет на 14 мест. У разведчика экипаж состоял из пяти человек: штурман (он же передний стрелок), два пилота, бортмеханик и кормовой стрелок. В варианте бомбардировщика добавлялись еще двое: радист-бомбардир в передней кабине и стрелок пушечной установки. В целом по боевым возможностям АНТ-27 существенно превосходил МДР-3.
Заказчики проект одобрили. На постройку опытного образца отвели срок до 1 декабря 1933 г. Морской авиации очень нужен был новый дальний разведчик и бомбардировщик. Состоявшие на вооружении немецкие летающие лодки «Дорнье -Валь» (у нас – ДВ) устарели, несмотря на проведенную модернизацию. Но не все в руководстве Вооруженных Сил сохраняли уверенность в успешном завершении работы туполевского коллектива. На состоявшемся 14 марта 1933 г. совещании в штабе РККА, посвященном проблемам развития морской авиации, начальник Военно-Морских Сил Орлов, памятуя о предыдущих неудачах при попытках создать отечественную летающую лодку подобного класса, ратовал за покупку в Италии гидропланов-катамаранов Савойя S.55. Ему возразил начальник штаба ВВС В.В.Хрипин, считавший создание МДР-4 вполне реальным. В конце концов за Хрипиным оказалось большинство присутствовавших.
В силу ряда причин постройка первого опытного экземпляра задержалась на 4 месяца. Для ее ускорения целиком использовали носовую и среднюю части лодки, а также поплавки разобранного МДР-3. Хвостовую часть лодки сделали заново, видоизменив и усилив ее. Из-за отсутствия моторов М-34РН, выпуск которых только осваивался, решили поставить не имевшие нагнетателей М-34Р. Самолет завершили к 7 марта 1934 г. и через три дня в разобранном виде отправили из Москвы в Севастополь, где находилось Морское отделение экспериментально-летных испытаний и доводки (МОЭЛИД) ЦАГИ. Там машину собрали, провели регулировку и подготовили к первому вылету. 8 апреля летчик Т.В.Ря-бенко поднял самолет в воздух.
Во всех последующих полетах АНТ-27 пилотировал А.А.Волынский. В испытаниях принял участие И.И.Погосский, неоднократно лично поднимавшийся в воздух. В целом полеты проходили нормально, летчики лишь жаловались на поведение самолета при взлете, т.к. он непривычно реагировал на принятый в то время разбег с раскачкой. 16 апреля как раз на таком этапе полета произошла трагедия. Свидетелем катастрофы был Туполев, которого Погосский вызвал из Москвы помочь разобраться со «странным» взлетом АНТ-27. Вот что он впоследствии вспоминал: «Мы на катере пошли вперед к месту отрыва, хотелось взглянуть, как машина будет выходить на редан. На МДР запустили двигатели, и лодка начала разгоняться. А надо сказать, в те годы многие пилоты летали на тяжелых морских самолетах «Дорнье-Валь». И была у них одна особенность – тяжело отрывались от воды. Чтобы облегчить взлет, морлеты придумали раскачивать машину, им казалось, так она легче отрывается. Гляжу, они уже у выхода из бухты начали раскачивать и МДР. Я вскочил, кричу, руками размахиваю – прекратите! Да разве услышат? Когда машина с хорошей скоростью вышла из бухты, ее стало бить о волны (после разбега по относительно спокойной воде бухты самолет встретился с высокой накатной волной с открытого моря. – Прим. авт.) Ударившись о первую, она взмыла, а затем со страшной силой врезалась в следующую. Подкосы среднего мотора не выдержали чудовищного удара, переломились, он рухнул на кабину…». Погибли Погосский, Волынский, инженер завода опытных конструкций ЦАГИ Г.С.Носков и инженер ЦИАМ К.К.Синельников.