Пока несколько «Хастлеров» ставили рекорды, остальные машины использовались по прямому назначению. К концу 1962 г. в составе ВВС США они налетали 5300 ч, выполнив 10500 полетов. 375 часов летчики В-58 провели на скорости 2М и более. За это время проявилось еще несколько недостатков машины. Особые нарекания вызывали подвесные контейнеры МВ-1 и МВ-1 С. Когда часть топлива вырабатывалась, волны остатка с такой силой били по перегородкам, что не выдерживала никакая герметизация, керосин затекал в боеголовку и выводил ее из строя. Оснащение самолета новым составным контейнером TCP позволило снять эту проблему. Судьба разведывательных контейнеров МС-1 и MD-1 не сложилась – они были построены в единственных экземплярах. САК вообще не хотело видеть В-58 в роли разведчика, военным вполне хватало U-2, RB-47 и RB-57. В декабре 1959 г. на девятом самолете первой серии проходил испытания контейнер с РЛС бокового обзора AN/APQ-69 с дальностью действия 80 км и разрешением до 3 метров. В ходе 25 полетов выяснилось, что подвеска этой станции серьезно ухудшала летные характеристики В-58. Более приемлемой оказалась РЛС AN/APS-73, в которой использовался принцип синтезирования апертуры, и она занимала меньше места в контейнере, оставляя достаточное пространство для топлива. Летные испытания AN/APS-73 проводились в мае 1961 г. Осенью следующего года В-58 с этим контейнером использовался для разведывательных полетов во время Кубинского кризиса, но на вооружение систему так и не приняли. Фоторазведывательные контейнеры LA-1 применялись крайне редко.
Еще в начале карьеры В-58 на базе контейнера МА-1 хотели сделать управляемую ракету – МА-1 С, но сложности с системой наведения и появление проекта баллистической ракеты воздушного базирования ALBM (Air-Launched Ballistic Missile) похоронили эту затею. В 1958 г. фирмы «Конвэр» и «Локхид» предложили вооружить такой ракетой В-58. Согласие военных получили довольно быстро, ведь в ПВО СССР недавно стали поступать зенитные ракетные комплексы С-25 и С-75, способные поражать сверхзвуковые цели на высотах до 30000 м. Таким образом, скорость и высота полета В-58 больше не являлись гарантией неуязвимости. В июне ВВС США заключили контракт с обеими фирмами на проведение испытаний ракеты проекта WS-199C.
Чтобы сэкономить время и деньги, «Локхид» использовала готовые части и системы: корпусные детали – от XQ-5 Kingfisher и Х-17, бортовые системы – от UGM-27 Polaris, твердотопливный двигатель – от MGM-29 Sergeant. Полученный гибрид назвали High Virgo (высокая дева). Первый пуск состоялся 5 сентября 1958 г., система управления ракеты не включилась, и High Virgo пришлось подорвать. Второй пуск прошел 19 декабря. Ракета полностью отработала программу полета: достигла высоты 76200 м и на скорости 6М пролетела около 300 км. Перед третьим пуском, 4 июня 1959 г., на ракету установили инерциальную систему наведения. Он также прошел успешно. Четвертый и заключительный испытательный полет WS-199C запланировали на 22 сентября. На этот раз ракету решили попробовать в качестве перехватчика спутников. Для регистрации попадания в спутник в носовую часть ракеты поместили фотоаппараты, которые должны были сфотографировать цель. Отделение от В-58 прошло успешно, но через 30 секунд связь с ракетой была потеряна. Носовой конус с фотоаппаратами не нашли и поэтому никто не знает, насколько успешной была стрельба. Через некоторое время программу High Virgo закрыли, а деньги передали на другой проект.
С целью увеличения количества боеприпасов под крылом В-58А закрепили два многозамковых балочных держателя для подвески четырех ядерных бомб типа Мк.43 с регулируемой мощностью от 70 Кт до 1 Мт. Бомба имела специальный обтекаемый корпус, съемный хвостовой обтекатель и два парашюта. Первый парашют затормаживал ее после сброса, а второй использовался, если сброс производился с малой высоты.