Затем политическая ситуация и вовсе изменилась коренным образом. Рухнула ОВД, а за ней перестал существовать СССР. Главный заказчик -Альбатроса- исчез, что вообще поставило под вопрос производство реактивных УТС в Чехословакии, Тем не менее, водоходовцы не опустили рук и предприняли воистину титанические усилия для продолжения совершенствования L-39 и поиска новых рынков его сбыта. Поначалу помощь оказало правительство страны, закупившее в 1991-92 гг. пять L-39MS: все летные прототипы и предсерийную -единичку-. Две машины остались в распоряжении -Водоходов-. Там их стали использовать в качестве летающих лабораторий. Так. одна из машин в настоящее время участвует в программе испытаний новой модификации катапультного кресла VS-2.
На внешнем рынке самолет стали рекламировать под обозначением L-59 (интересно, что этот индекс носил нереализованный проект легкого штурмовика, разработанный Влчеком в начале 1960-х гг.). Активный маркетинг вскоре принес первые результаты: новинкой заинтересовался старый клиент чехословацкой -оборонки- Египет. Каир подписал с -Аэро-Водоходами- контракт на закупку 48 самолетов, получивших обозначение L-59E. По требованию заказчика эту версию -Альбатроса- оснастили БРЭО западного производства, а подкрыльевые пилоны приспособили для подвески как западных. так и советских образцов вооружения Прототипом стал переоборудованный самолет 0101, который облет али после доработок 22 апреля 1992 г. Поставки начались 29 января 1993 г. и завершились в начале 1994 г. К тому времени Чехо-Словакия уже распалась, и при разделе имущества два L-39MS достались Братиславе.
Очевидно, пример Египта вдохновил приобрести новую технику Тунис, который заказал 12 L-59T. Эта модификация отличалась от египетской лишь тем. что на ней не предусмотрена подвеска советских образцов вооружения. В качестве прототипа использовали все тот же самолет 0101. Поставки были осуществлены в 1995-96 гг.
Другое направление в развитии -Альбатроса- возникло. когда -Аэро-Водоходы- решили принять участие в программе JPATS (Joint Primary Aircraft Training System), предусматривавшей создание единого учебно-тренировочного самолета первоначальной подготовки для Вооруженных сил США В этом конкурсе испытали свои силы почти все известные мировые компании, занимавшиеся созданием УТС. Водоходовцы стали примеряться к американским требованиям еще в 1990 г.. параллельно изучая возможности -вестернизации- серийного L-39C и улаживая с СССР спорные вопросы. связанные с использованием на машине советского оборудования. Работы над самолетом, названным L-139 Super Albatros (или Albatros 2000), велись под руководством Доброслава Рака. В 1991 г. был заключен ряд соглашений с западными партнерами. 15 июня -Аэро-Водоходы- подписали меморандум с американской компанией Garrett, позже вошедшей в состав корпорации Allied Signal. Он касался использования на -Супер Альбатросе- двигателя -Гаррегт- TFE 731-4, который развивал практически такую же тягу, что и АИ-25ТЛ – порядка 1800 кгс. но выгодно отличался от него меньшим на 15% расходом топлива. В сентябре начались конструкторские работы, связанные с пересадкой нового -сердца-, а из Штатов прибыл макет -Гаррета- для практической отработки компоновочных решений. Предполагалось, что различные агрегаты для силовой установки самолета, включая ВСУ. будут поставлять американские фирмы Abex, Ametek, Lucas.
Кроме того, машину решили оснастить целым рядом новых систем заокеанского производства Прежде всего, следует отметить прицельно-навигационный комплекс, который включал ИЛС. близкий к использованному на F/A-18. Существенную помощь во- доходовцам в этой работе оказали компании Bendix King и Flight Vision. У фирмы Litton была приобретена бортовая кислородная система OBOGS (On Board Oxygen Generation System), применяемая на самолетах ВМС США. На -Супер Альбатросе- собирались установить бортовую систему учета усталости планера FMS (Fatique Monitoring System) компании Esprit, что должно было позволить довести ресурс планера до 10000 летных часов. К проекту также привлекли британскую компанию Martin Baker, при содействии которой чехи доработали свое новое катапультное кресло VS-2. получившее обозначение VS-2A Особенностью новой системы спасения летчика стало катапультирование сквозь остекление фонаря кабины, что характерно для многих британских самолетов В довершение всего подкрыльевые узлы были приспособлены под системы вооружения, применяемые в НАТО.
Была предпринята попытка наладить сотрудничество с какой-либо крупной американской самолетостроительной компанией. Интерес проявила General Dynamics, однако из-за внутренних проблем этой фирмы сотрудничество быстро свернули.