После распада федерации на два государства наличный парк -Альбатросов- был распределен между ними. Доставшиеся Словакии L-39ZA применялись для борьбы с низколетящими малоскоростными ЛА, время от времени нарушавшими границу страны и перевозившими контрабанду либо нелегальных мигрантов. Новые времена принесли в биографию самолета события, казавшиеся ранее совершенно невозможными L-39 стали регулярными участниками различных военных учений в рамках НАТО. Например, с 6 по 17 сентября 2004 г. несколько чешских L-39ZA были задействованы в совместных с британцами маневрах Flying Rhino 2004.
Несколько слов о пилотажной группе -Белые альбатросы-. Официально она была создана 27 ноября 1990 г на базе 2-го УАП в Кошице и летала на L-39C. После разделения страны авиашкола оказалась на территории Словакии, и в Братиславе решили сохранить группу. Теперь в ней использовались 4-5 L-39C и два L-39V Машины получили характерную бело-сине-красную окраску, под цвета национального флага страны. Группа выступала на разных европейских авиашоу. янлнясь своеобразным -крылатым полпредом-Словакии. 17 июля 1996 г в-Белых альбатросах произошло первое ЧП: в ходе отработки групповой слетанности над Кошице столкнулись в воздухе L-39C и L-39V. Летчик первого самолета м- р Р. Розенберг удачно катапультировался, а неуправляемая машина рухнула на один из сараев. L-39V получил повреждение кипя, но его летчику м-ру П. Фиале удалось совершить благополучную посадку в Кошице. Еще один самолет был потерян 3 июня 2000 г во время показательного полета на торжества, посвященных открытию новой авиабазы Слиач. Из-за ошибки в пилотировании врезался в землю борт № 4355 м-ра Л Новака Летчик погиб. После этой трагедии группа просуществовала еще 3.5 года. Причинами ее расформирования стали износ матчасти, уход на пенсию ряда опытных пилотажников и сокращение Вооруженных сил.
Коль речь зашла о потерях, следует признать, что на родине гибель -Альбатросов- оказалась весьма частым явлением. До 1993 г. в летных происшествиях разбились 9 машин и погибли 9 летчиков. За следующие 12 лет ВВС Чехии потеряли четыре L-39 и трех человек В Словакии, кроме упомянутых выше инцидентов. произошел еще один 14 сентября 2000 г. В тот день у L-39ZA из 31 – й авиабазы (Слиач). который пилотировал надпоручик П. Сербин, в полете отказал двигатель Летчик предпринял несколько безуспешных попыток его запустить, после чего вынужден был катапультироваться. Машина упала в безлюдной местности и взорвалась. Никто не пострадал. Таким образом, из 78 -Альбатросов-, находившихся в строевой эксплуатации, разбились 16 – более 20% всего парка.
Новым явлением в истории самолета стало появление у -Альбатросов- частных владельцев. В Чехии первый приватный L-39C поднялся в воздух 13 августа 2004 г. Самолет был куплен в Украине и ранее эксплуатировался в Черниговском училище. Его отремонтировала и переоборудовала группа энтузиастов при помощи специалистов -Аэро-Водоходов-. С машины демонтировали пилоны, ряд военных систем и установили оборудование, позволяющее летать на международных авиатрассах. Самолет выкрасили в черный цвет, а на борт нанесли гражданскую регистрацию OK-JET.
Появились частные -Альбатросы- и в других европейских странах, а во Франции была создана коммерческая пилотажная группа Team Apache (см. фото в начале статьи). Базируется она на аэродроме Лонгви и включает 4 самолета, которые имеют эстонскую и российскую регистрацию Группа выступает на различных авиашоу. Недавно ее спонсором стала знаменитая швейцарская часовая фирма Bretling. название которой теперь красуется на крыльях выкрашенных в темно-синий цвет самолетов.
Хорошие летные качества при невысокой стоимости вызвали интерес к -Альбатросу- у отнюдь не бедных пилотов-энтузиастов в США и Канаде. Первым собственником L-39 в Северной Америке стал м-р Джо Кларк Его самолет пересек своим ходом Атлантику в июле 1991 г. и в конце месяца был продемонстрирован на выставке Airshow Canada, прошедшей под Ванкувером. Увы, увлечение летчиков-любителей -Альбатросами- стоило двух катастроф, произошедших в 2003 г. 30 июня при взлете с аэродрома Гэдсден (штат Алабама) у L-39C (борт № 8125R) отказал двигатель, как полагают, из-за попадания посторонних предметов. Пилот Элмо Хан катапультировался, но парашют не раскрылся, и получивший тяжелые увечья летчик скончался в местной больнице. 24 августа в похожей ситуации разбился L-3920 (№ 298RD) в аэропорту Мартин под Балтимором (штат Мэриленд). Пилот и пассажир погибли.