Начавшаяся в стране война вносила свои коррективы в жизнь 393-го УАП. Эпизодически -Альбатросы-, которые пилотировали как афганские, так и советские инструкторы, привлекались для выполнения боевых заданий Например, с 24 по 30 августа 1979 г. они совершили 11 боевых вылетов для нанесения уларов по наземным целям с помощью бомб и НАР Нередко учебные полеты совмещались с разведкой окрестностей Мазари-Шарифа. Первый выпуск летчиков на L-39 состоялся в августе 1979 г. Закончить училище смогли 15 человек Средний налет каждого из них составил 77 часов (из них 22 самостоятельно) при 308 посадках.
В дальнейшем количество курсантов в училище значительно возросло. Увеличился более чем в два раза и парк L-39 Однако удовлетворять потребности воюющей страны в летчиках все равно не удавалось, и немалое количество афганцев отправляли для учебы в Краснодарское училище Выпускники Мазари-Шарифа достойно воевали, многие из них погибли Например, из первого выпуска война унесла жизни 8 пилотов. После падения правительства Наджибулы L-39 продолжали базироваться в Мазари-Шарифе и вошли в состав ВВС вооруженных сил узбекского генерала Дустума Они применялись в различных межафганских -разборках-, в т.ч. в боях с талибами. Одна или две машины перелетели на их сторону. а еще две-три – в Узбекистан. Ко времени проведения западными союзниками антигалибской операции в Афганистане не осталось ни одного исправного -Альбатроса-.
В Эфиопии L-39C состояли на вооружении двух эскадрилий в т.ч. 16-й учебно-тренировочной, которую регулярно привлекали к выполнению боевых заданий. Сначала она воевала в Эритрее, а затем приняла участие в гражданской войне на территории собственно Эфиопии Когда в мае 1991 г. повстанцы, сражавшиеся против режима Менгисту Хайле Мариама. подошли к Адис-Абебе. летчики -Альбатросов- защищали столицу вплоть до ее падения. После этого до полусотни самолетов и вертолетов перелетели в соседний Джибути Среди них был один L-39 В 1993 г. Эритрея выделилась в отдельное государство, и новые эфиопские власти оказали помощь своим недавним союзникам в антидиктаторской борьбе, организовав обучение их летчиков на чешских -спарках-. Но вскоре бывшие друзья -побили горшки-, и в 1998 г. между соседями вспыхнула война из-за территориальных споров. Участие L-39 в этих боях не отмечено. Однако во время учебных полетов -Альбатросы- регулярно подвергались обстрелу собственной ПВО, так как наземные наблюдатели путали их с итальянскими
МВ339, состоявшими на вооружении ВВС Эритреи. Один такой инцидент закончился плачевно: 13 ноября 1998 г в районе аэродрома Мекеле был сбит -Альбатрос-, в кабине которого погибли к-н эфиопских ВВС Эндегена Тадэссе и российский инструктор, имя которого в прессе не называлось.
В Ираке -Альбатросы- в качестве штурмовиков довольно активно использовались против курдов Действовали они. в основном, с авиабаз Киркук и Мосул. Отмечалось эпизодическое появление L-39 и над зоной боевых действий с Ираном. Во время -Бури в пустыне- союзники постарались нанести максимальный урон авиации Хусейна, однако до полусотни -Альбатросов- смогли пережить эту бойню. Те машины, что уцелели и во время следующей войны в Заливе, стали трофеями коалиционных войск.
В 1986 г. начались поставки ливийских L-39ZO в Никарагуа. Судя по скупой информации СМИ, сандинисты использовали их как для борьбы с отрядами -контрас-, так и против скоростных катеров, постоянно совершавших рейды на береговые объекты Никарагуа. а также нападавших на рыболовные и торговые суда. Как минимум, один катер удалось вывести из строя. Поставки L-39 прекратились после завершения в стране гражданской войны и проведения выборов, которые сандинисты проиграли.