Уже в первых полетах «летающее крыло» поразило летчиков своей маневренностью. Однако у него оказался и ряд минусов. Прежде всего, проявилась недостаточная путевая устойчивость. При попадании в зоны турбулентности или при резких порывах ветра N-9M совершал 4-5 колебаний, прежде чем пилоту удавалось вернуть его на прежний курс. Кроме того, постоянно перегревались и часто отказывали двигатели.
Налетав около 30 ч, в 49 полете самолет потерпел катастрофу, в которой погиб летчик Макс Констант. В роковой день 19 мая 1943 г. опытная машина удалилась от ВПП на достаточно большое расстояние и вышла из поля зрения наблюдателей, поэтому никто не видел ее падения. Положение обломков на земле указывало на то, что N-9M-1 вошел в штопор или кувыркался вокруг поперечной оси до встречи с землей.
Возможность полной потери управляемости самолета, не имевшего фюзеляжа и стабилизатора, безусловно, рассматривалась конструкторами. Последовавшие за катастрофой продувки модели в аэродинамической трубе показали, что N-9M вполне управляем на больших углах атаки, и его можно вывести из штопора. Прошли исследования модели и на опрокидывание, в результате которого самолет мог начать вращение вокруг поперечной оси. Ученые сделали вывод, что в зависимости от центровки и скорости полета самолет мог выйти из такого маневра или продолжать кувыркаться, однако в нормальном горизонтальном полете N-9M-1 опрокинуться не мог. Вероятно, к катастрофе привели какие-то внешние факторы, например, сильный воздушный порыв. Некоторые специалисты предполагали, что на режиме, когда нагрузки на рули пропали, а потом резко возросли, пилот получил удар штурвалом, после которого потерял сознание, а неуправляемый самолет врезался в землю.
Все хорошо понимали, что эксперименты на моделях не позволяют точно определить, что же произошло с N-9M-1, и требуется продолжить испытания. 24 июня 1943 г. впервые взлетел самолет N-9M-2. В воздухе скоростным напором у него был сорван фонарь кабины, но летчику удалось успешно посадить самолет. Вскоре стал летать третий экземпляр N-9M-A, который оснастили необратимой бустерной системой управления. Последний, четвертый, экземпляр N-9M-B взлетел 21 сентября 1943 г. Он имел двухместную кабину и предназначался для обучения будущих летчиков ХВ-35 особенностям пилотирования «летающего крыла».
Полеты этих трех опытных самолетов особых проблем в их поведении не выявили. Все опасные маневры, включая остановку в воздухе при взятом на себя штурвале, скольжение назад и штопор при предельно задней центровке, прошли успешно. Возможное возникновение обратной реакции рулей и вероятные травмы летчика исключили установкой специального механизма, отталкивающего от летчика колонку штурвала. Возможность опрокидывания или потери управляемости при внезапном воздушном порыве будущего бомбардировщика, аэродинамическим прототипом которого являлся N-9M, посчитали фантастической ввиду большой инерции 100-тонной машины.
В общей сложности программа испытаний самолетов N-9M продолжалась 3 года и дала массу полезной информации как по особенностям пилотирования «летающего крыла», так и по наиболее узким местам конструкции, что позволило найти решения для их устранения. В частности, для борьбы со срывом потока на концах крыла, характерным для стреловидных крыльев большого удлинения, на втором самолете установили фиксированный предкрылок. Позднее вместо него в носках концевых частей крыла выполнили профилированные щели, закрытые створками, которые открывались с приближением самолета к критическим углам атаки. Это оригинальное устройство оказалось эффективным, и его также применили на самолете N-9M-A.
В 1946 г. пилотирование N-9M освоили все летчики из отдела испытаний бомбардировщиков базы Мюрок, которые готовились к полетам на «летающих крыльях» Нортропа. Их впечатления наиболее ярко и лаконично выражает фраза летчика-испытателя Глена Эдвардса: «Опыт, о котором нельзя забыть».